ШЖМ - тің жоғарыда келтірілген артықшылықтармен қоса, кемшіліктері, кері жақтары да бар: - мұғалімдер ұжымының аздығына қарай, әрбір мұғалімнің шығармашылық белсенділігінің артуына жол болмайды; - сабаққа дайындалуда оқытушы шектен тыс жүктеме орындайды; - мұғалім әрбір сыныппен сабақтың белгілі бір бөлігінде ғана жұмыс жасауға мүмкіндігі бар, ал қалған уақытта тек оқушылардың өздік жұмысын ұйымдастыруға, оны басқаруға ғана жұмсалады; - мұғалімнің зейіні екі немесе одан да артық сынып оқушыларына бөлініп отырады; - өзіндік жұмысты орындау барысында оқушылар мұғалім тарапынан жеткілікті мөлшерде көмек ала алмайды; - белгілі бір жастағы балалар болмағандықтан, ұжымдық жұмыс ұйымдастыруға мүмкіндік жоқ; - оқушылардың өздік жұмысы басқа сынып оқушыларының шуылы, кедергі жасауы барысында жүргізіледі, мұның өзі оқушының тапсырманы түсіне отырып орындауына кері әсер етеді; - ШЖБМ оқушылары көпке дейін өз ойын ашық айтуға, қандай да бір мәселені ауызша талдауға, өзгенің талдауын, талқылауын, ойын тыңдаудан кенде, кейін қалады;
