Қоқан қаласын большевиктер жаулап алып, Түркістан (Қоқан) автономиясын құлатуына байланысты Мұстафа Шоқай шет елге эмиграцияға кетуге мәжбүр болады. Шетелдік эмиграция жылдарында көптеген қиыншылықтарды жеңе отырып, ол кең ауқымды, терең мазмұнды саяси күрес жүргізді. А.Керенскийдің «Дни» және П.Милюковтың «Последние новости» газеттерінде қызмет атқарды. 1927 жылдан Зәки Уәлиди Тоғанның редакторлығымен Парижде шығып тұрған «Иени Түркістан» журналына атсалысып, «Туркестан милли бирлиги» («Түркістан ұлттық бірлігі») ұйымына жетекшілік етті. Эмиграцияда жүрген түркі-мұсылман халықтарының Ә.Топчибашев және Г.Исхаки секілді өкілдерімен жиі араласып, пікірлес болды. Оларды Ресейдегі түркі-мұсылман халықтарын азаттыққа жеткізуде күш біріктіре әрекет етуге үндеді. 1929 жылы «Яш Туркестанда» Түркістан халқының мәдениеті, кеңестік биліктің бұл өлкедегі саясаты және 2-дүниежүзілік соғыс қарсаңындағы халықаралық қатынастар, т.б.тақырыптарда зерттеу мақалаларын жазды. 1940 жылы Парижге неміс әскері кіргенде, Мұстафа Шоқай тұтқынға алынып, бірнеше ай концлагерьде отырып шығады. 1941 жылы Мұстафа Шоқай Берлиндегі «Виктория» ауруханасында күмәнді жағдайда көз жұмып, қаладағы мұсылмандар зиратына жерленді.
Түркістан автономиясы құлағаннан кейін, Шоқайды ұстау үшін Кеңес өкіметі оның басына бір миллион рубль тігеді. Мұстафа қашып жүріп, Ташкентке барады. Одан кейін Бакуге, кейін Тбилисиге келеді. Тбилиси кеңес үкіметінің қолына өткен соң, Түркияға барып бас сауғалайды. Бірақ түрік елінде тұрақтап қала алмайды. Ақыры Франция астанасы Парижден бір-ақ шығады.
Мұстафа Шоқай 21 жыл бойы Еуропада эмиграцияда жүреді. Жан-тәнімен жақсы көретін туған елін тастап кету қайраткерге оңай соқпағаны анық. Елінен жырақта жүрсе де, қазақтың бостандығы үшін күресіп өткен. Еуропада жүріп, бүкіл әлем назарын Түркістан проблемасына аударды. Туған елі мен Түркістандағы жақтастарымен байланысын үзбей, үнемі хат алысып тұрды.
Публицистік қырынан танылды. Өз күшімен шетелде "Яш Түркістан" журналын шығарды. Түрлі басылымдарда саяси мақалалары басылды. Германия, Англия, Франция секілді ірі елдердің саяси мінберінен сөз сөйлеп, түркі халқының кеңестік кертартпа саясаттан кесапат көріп отырғанын ашына айтты. Мұстафаның қайраткерлік абырой-атағы мұхит асып, тіпті АҚШ-қа жетті. Америкалықтар да оны бірнеше рет шақырып, саяси алаң ұсынған. Алайда оның ақшасы болмай, Америкаға жолы түспеді.
1925 жылы Парижде өткен "ЭКСПО" көрмесі кезінде Мұстафа Шоқай Әміре Қашаубаевпен кездеседі. Осы сапардан кейін НКВД қызметкерлері талантты әншінің қыр соңына түсіп, сұрақтың астына алады. Осылайша басталған тергеу ақыры тоғыз жылға созылған.
Эмиграцияда жүріп М.Шоқай кеңестік езгідегі Түркістан халықтарының өмірін көрсетуге арналған журналдар мен газеттер шығаруды ұйымдастырып, олардың жұмысына белсене араласты. Стамбұл мен Парижде, Берлин мен Лондонда, Варшавада ол Орта Азия туралы мақалаларын, теориялық зерттеулерін, тарихи және саяси шолуларын жариялады. Ол ұйымдастырған «Жаңа Түркістан» және «Жас Түркістан» журналдары тиісінше Стамбұл мен Берлинде басылып тұрды.
Мұстафа Шоқайұлы өзінің 1937 жылы «Яш Түркістан» журналына «Қоқан автономиясының» 14 жылдығына арнап мақала жіберген. Осы мақалаға сүйенсек, Қоқан автономиясы бар болғаны 2 ай, 3 күн ғана, яғни 1917 жылдың 10 желтоқсанында құрылып, 1918 жылдың 13 ақпанында тарағанын байқаймыз.
Мұстафа Шоқайдың шетелдік эмиграциядағы саяси қызметі бүкіл Түркістан жұрты үшін жазба және ауызекі жүргізген үгіт-насихат жұмыстарынан көрінеді. Оның аса шебер ұйымдастырушылығы, ұлттық құндылықтар саласында жасаған тұжырымдары осы күнгі саясатпен ұштасып, сабақтасып жатқандығы дәлел болады.
1941 жылы Ұлы Отан соғысы басталысымен М.Шоқай тұтқындалып, Париж түбіндегі Компьен концлагеріне жіберіледі.
