Ас қорыту жүйесі. Ас қорыту жолының үлкен бөлімдерге бөлінуіне және жаңа бөлімдердің пайда болуына байланысты қосмекенділердікімен салыстырғанда әлдеқайда күрделі. Бауырымен жорғалаушылардың тісі болады. Олар жоғарғы жақ және төменгіжақ сүйектеріне орналасқан. Тістердің негізі қызметі азықтарынтістеп ұстау. Ауыз бездері қосмекенділердікімен салыстырғанда күшті жетілген. Тасбақа мен крокодилдердің мұрын жұтқыншақ жолы ауыз қуысынан тандай сүйектері арқылы бөлінген. Ауыз қуысының таңдай сүйектері арқылы бөлінген. Ауыз қуысының түп жағында атылып шығуға бейімделген тіл орналасқан. Тілінің (формасы) пішіні әртүрлі болады, ол қоректік заттарды ұстау тәсілімен сипатталады. Мысалы, жыландар мен кесірткелерде тілі жіңішке, ұшы екі айыр болады. Жұтқыншақ, өңеш және қарын жақсы дамыған. Бауыр мен ұйқы безі жақсы жетілген. Бауырдағы өт жолы да ұйқы безінің ашылатын жеріне келіп ашылады. Аш ішек тоқ ішекке қарағанда ұзындау, ал тоқ ішек клоакаға жалғасады. Қазіргі бауырымен жорғалаушылардың басым көпшілігі жануар тектес азықтармен қоректенеді. Ұсақ насекомдармен (кесірткелер) ірі сүтқоректілерге дейін (крокодилдер мен Сарбас жылан – удав)жейді. Өсімдік тектес азықтармен қоректенетін (тасбақалар) аз кездеседі.
Нерв жүйесі. Бауырымен жорғалаушылардың нерв жүйесі қосмекенділерге қарағанда күрделі құрылысты болады. Бауырымен жорғалаушылардың күрделі өмірімен байланысты алдыңғы ми сыңарлары сүр заттарының үстіңгі қабаты ми қабығына айнала бастады. Бұлардың жылдам қозғалуына байланысты мишығы күшті дамыған. Ми жарты шарлары үлкен, олардың мидың сүр затынан тұратын қыртысы болады, бірақ қыртысы әлі де жақсы жетілмеген. Жұлын құрылысы күрделенген ұзын болып келеді.