Магистралдық темір жол желісіне кіретін темір жодардың тізбесін бекіту, сондай-ақ, темір жолдарды осындай тізбеден шығару;
Темір жол көлігінің қауіптілігі жоғары аймақтарда жолаушылардың, азаматтардың бөлу және обьектілер орналастыру, оларда жұмыс жүргізу, темір жолдар арқылы жүру және өту ережелерін бекіту;
Темір жол көлігінің міндетті сертификаттауға жататын өнімінің жұмыстарын, көрсетілетін қызметтерінің тізбесін бекіту;
әскери және арнаулы тасымалдарды жүзеге асыру тәртібін белгілеу;
айрықша қызметтеріне қарай жүктердің жекелеген түрлерін күзетуді қамтамасыз ету тәртібін белгілеу және осындай жүктердің тізбесін бекіту;
темір жол көлігі қызметіне байланысты обьектілерді мемлекеттік әлеуметтік сала обьектілеріне жатқызу тәртібін, сондай ақ темір жол көлігі ұйымдарының осындай обьектілерді күтіп ұстауына жұмсайтын шығындарының нормативтерін белгілеу;
халықаралық, республикалық және қала маңындағы қатынастарды әлеуметтік маңызды бағыттар бойынша магистралдық темір жолдарда жолаушылар тасымалын ұйымдастыру туралы шешім қабылдау;
темір жол көлігінің қорғалатын аймақтарының жерін пайдалану тәртібін, мөлшерін және режимінін белгілеу;
Қазақстан Республикасының аумағы бойынша транзиттік жолаушылар қатынасына тыйым салу туралы шешім қабылдау;
Тасымалдауды шектеу туралы Қазақстан Республикасының аумағына (аумағынан) багаж, жүк және жүк багаж әкелуге, әкетуге, транзиттік тасымалдауға тыйым салу туралы шешім қабылдау;
Темір жол көлігін басқару саласындағы өзге де мәселелер жатады.