Биологиялық мәліметтер базасы бұл ғылыми тәжірибелерден, жарияланған әдебиеттерден, эксперименттің жоғары технологиялары мен компьютерлік анализдерден жинақталған биологиялық ғылымдар туралы ақпарат кітапханалары
жүктеу/скачать 35 Kb.
|
5практика цирфлык ресурс
- Бұл бет үшін навигация:
- Бастапқы мәліметтер базасында тек дәйектілікке немесе құрылымға арналған ақпарат болады . Бастапқы биологиялық мәліметтер қорының мысалдары
|
Биологиялық мәліметтер базасы - бұл ғылыми тәжірибелерден, жарияланған әдебиеттерден, эксперименттің жоғары технологиялары мен компьютерлік анализдерден жинақталған биологиялық ғылымдар туралы ақпарат кітапханалары. Олар геномика, протеомика, метаболомика, микроаррай генінің экспрессиясы және филогенетика сияқты зерттеулердің ақпараттарын қамтиды. Биологиялық мәліметтер қорындағы ақпараттарға гендердің қызметі, құрылымы, локализациясы (жасушалық және хромосомалық), мутациялардың клиникалық әсерлері, биологиялық реттіліктер мен құрылымдардың ұқсастығы жатады. Биологиялық мәліметтер базасын кеңінен жүйеліліктің, құрылымдардың және функциялардың мәліметтер базасына жатқызуға болады. Нуклеин қышқылы мен ақуыздар тізбегі дәйектілік мәліметтер базасында сақталады, ал құрылымдық мәліметтер базасы шешілген РНҚ мен ақуыз құрылымдарын сақтайды. Функционалды мәліметтер базасы гендердің өнімдерінің физиологиялық рөлі туралы, мысалы, фермент белсенділігі, мутантты фенотиптер немесе биологиялық жолдар туралы ақпарат береді. Модельді ағзаның мәліметтер базасы - бұл түрге тән деректерді беретін функционалды мәліметтер базасы. Мәліметтер қоры - ғалымдарға биомолекулалар құрылымынан және олардың өзара әсерінен бастап, организмдердің бүкіл зат алмасуына дейінгі биологиялық құбылыстарды талдауға және түсіндіруге және түрлерден эволюцияны түсінуге көмектесетін маңызды құралдар. Бұл білім аурулармен күресті жеңілдетуге, дәрі-дәрмектерді жасауға, кейбір генетикалық ауруларды болжауға және өмір тарихындағы түрлер арасындағы негізгі қатынастарды ашуға көмектеседі. Биологиялық білім көптеген жалпы және арнайы мәліметтер базасына таралады. Бұл кейде ақпараттың дәйектілігін қамтамасыз етуді қиындатады. Интеграциялық биоинформатика - бұл мәселені бірыңғай қол жетімділікті қамтамасыз ету арқылы шешуге тырысатын бағыт. Бір шешім - осыған байланысты білімді байланыстыру үшін биологиялық мәліметтер қорының басқа мәліметтер базасына кіру нөмірлерімен өзара сілтеме жасауы. Информатикадағы реляциялық мәліметтер қорының тұжырымдамалары және цифрлық кітапханалардан ақпарат алу тұжырымдамалары биологиялық мәліметтер базасын түсіну үшін маңызды. Биологиялық мәліметтер базасын жобалау, дамыту және ұзақ мерзімді басқару биоинформатиканың негізгі саласы болып табылады. Деректер құрамы гендер тізбегін, мәтіндік сипаттамаларды, онтологиялық атрибуттар мен жіктемелерді, дәйексөздер мен кестелік деректерді қамтиды. Ол көбінесе жартылай құрылымдалған деректер ретінде сипатталады және кестелер, кілттермен бөлінген жазбалар және XML құрылымдары ретінде ұсынылуы мүмкін. Биологиялық мәліметтер қорының түрлері Биологиялық мәліметтер базасын әрі қарай негізгі, қосалқы және құрама мәліметтер базасына жатқызуға болады. Бастапқы мәліметтер базасында тек дәйектілікке немесе құрылымға арналған ақпарат болады . Бастапқы биологиялық мәліметтер қорының мысалдары: Белоктар тізбегіне арналған Swiss-Prot және PIR Геномдар тізбегі үшін GenBank және DDBJ Ақуыздың құрылымына арналған ақуыздық мәліметтер Қосымша мәліметтер базасында бастапқы мәліметтер базасынан алынған ақпараттар бар. Қосымша мәліметтер базасында консервацияланған жүйелер, сайттың белсенді қалдықтары және қолтаңбалар тізбегі сияқты ақпарат сақталады. Ақуыз мәліметтер базасына жататын мәліметтер екінші деңгейлі мәліметтер базасында сақталады. Мысалдарға мыналар жатады: Кембридж университетіндегі SCOP Лондон университет университетіндегі CATH PROSITE Швейцария биоинформатика институты eMOTIF Стэнфордта Композициялық мәліметтер қорында көптеген бастапқы мәліметтер базалары бар, олардың әрқайсысын жеке іздеу қажеттілігі жойылады. Әрбір құрама мәліметтер базасында әр түрлі іздеу алгоритмдері және әртүрлі мәліметтер құрылымы бар. NCBI бұл дерекқорларды өзінің ресурстарында орналастырады, онда адамдардағы фенетикалық маркерлердің (OMIM) онлайн каталогына сілтемелер орналасқан. жүктеу/скачать 35 Kb. Достарыңызбен бөлісу:
|