Кене энцефалиті вирусына Ig М класты ерекше антиденелер аурудың клиникалық белгілері пайда болғаннан кейін 4-5 күнде 2-3 күнде пайда болуы мүмкін. Тиісті бағалаулар бойынша аурудың менингоэнцефалиялық фазасындағы науқастардың кем дегенде 96%-ы Ig М-позитивті болып табылады. Аурудың қолайлы ағымы кезінде Ig М деңгейі тез төмендейді. Алайда кейбір науқастарда олардың концентрациясы ұзақ уақыт бойы (3 айға дейін) жеткілікті жоғары болып қалады. Жалпы, Ig М антиденелерді анықтау рутиндік клиникалық практикада вирустық кене энцефалитінің клиникалық диагнозын зертханалық растаудың барабар әдісі болып саналады.