Патша үкіметі жас ғалымның ғылыми еңбегін жоғары бағалады. 1860 жылы Санкт-Петербургте орденмен марапатталып, әскери шені де өсті. Оны орыс патшасы ІІ Александрдің өзі қабылдады. Осы кездесу кезінде Шоқан патшаға орыс шенеуніктерінің қазақ халқына жақсы қарауы жайлы өз өтінішін батыл жеткізді. Өзінің еңбектерінде қазақтардың бұрын еркін, дәулетті өмір сүргені туралы жазады.
1862 жылы өз халқына пайдасын тигізуді ойлап, Атбасар округі бойынша аға сұлтан болып сайлануға кандидатурасын ұсынды. Патша үкіметінің жергілікті өкілдері оның аға сұлтан болуына кедергі жасап, түрлі сылтаумен бекітпей қояды. Осы туралы Шоқан Уәлиханов 1862 жылы қазанда досы, белгілі орыс жазушысы Ф.М. Достоевскийге хат жазады: «Халқыма пайдамды тигізу үшін аға сұлтан болғым келді. Оларды шенеуніктер мен қазақ байларынан қорғамақ болдым. Сондағы ең алдымен көздегенім – өз басымның мысалы арқылы жерлестеріме оқыған аға сұлтанның пайдалы екенін көрсету еді. Болысты төңіректеген ұлықсымақ мырзалар мен приказнойлар маған түгелімен қарсы болды. Неге өйткенін білесің бе? Мен аға сұлтан болсам, болыс әкімдері аға сұлтандардан алатын мыңдаған ақшасынан айырылар еді, приказнойлар аяғын аңдап басып, ел аралап тентіреп кеткен болар еді. Байқайсың ба, бұл шенеуніктер үшін «болу не болмау» сияқты нәрсе. Шенеуніктер байлар мен баққұмар қырғыздарды (қазақтарды) маған өшіктіріп, «Уәлиханов аға сұлтан болса, сендерге сор болады, ол теңдік деген ұғымды ұстаған адам… Құдайға сенбейді. Мұхаммед пайғамбарға өш», – деп өсек таратты».
1822 жылы Орта жүзде хандық билік жойылып, қазақтардың мал жайылымдары тарыла бастаған кезде, Шоқан Уәлиханов округтік басқарудың енгізілуіне қатысты өзінің қарсы көзқарасын білдірді: «Біздің жерімізді округтер бойынша бөліп, жазғы және қысқы жайылымдарды атақты рулар мен адамдарға беру – малшаруашылығына кесірін тигізетін басты себептердің бірі ретінде есептелуі тиіс. Мұндай реформалар кедергі келтіретін зиянды, әрі халық үшін қасірет әкеледі».
Сондай-ақ ол Кіші жүздегі сайлау жүйесінің болмауын елеулі кемшілік ретінде көріп, жаңа басқару тәртібіне де қарсы шықты: «Орынбор дала басқармасының негізгі кемшілігі, ол орда шенеуніктерін халықтың сайлауымен емес, шегара бастықтарының қалауымен тағайындауында». Ол реформаның прогрестік заңдылыққа сүйеніп, халықтың әлеуметтік жағдайын жақсартуға бағытталуын қолдады. Мысалы, «Сот реформасы туралы жазбалар» мақаласында: «Реформа оңтайлы, яғни қоғамдық организм жан-жақты дами алатын мызғымас прогресс заңына негізделіп жасалғанда ғана ұтымды болады», – деп жазады. Сонымен қатар патша өкіметі жүргізіп отырған сот реформасының халыққа жат сипатын ашық айтты: «Қисынсыз теорияға немесе өзге халықтың өміріне зорлықпен, ырықсыз жасалған реформа адам баласын жойқын апатқа душар етіп келді». Ғалым дәстүрлі қазақ қоғамының әлеуметтік-экономикалық, зияткерлік әлеуеті туралы айтып, халықтың жарқын болашағына кәміл сенді: «Ресей империясының құрамына еніп отырған барлық бұратаналардың ішінде халқы санының көптігінен, байлығы жөнінен біз бірінші орын аламыз. Меніңше, алдағы өркендеу де бізге – қазақтардың үлесіне тиеді».
Ғалым патша өкіметінің қазақ даласындағы сот ісіндегі кемшіліктерін сынға алып, билер сотының артықшылығы туралы былай деп жазады: «Орыс талапкері немесе жауапкері көптеген жағдайда орыстың тергеу орнынан гөрі, бидің сотын артық көреді… Билер сотының артықшылығы, ол істі некен-саяқ болмаса, жалғыз шешпейді; оған қатысатын адамға шек қойылмайды, ал тіпті кейде олар ақтаушы да болып көрінеді және бидің шешіміне шағым жасауға да құқы бар». Демократиялық билер соты Ресейдің отаршыл сотынан әділдігімен ерекшеленді.