Ішкі істер органдарының бүкіл жүйесінің қызметіне лауазым бойынша ішкі әскерлердің қолбасшысы болып табылатын ІІМ басшылық жасайды. Оны Республика Премьер-министрінің ұсынуы бойынша Президенттік қызметке тағайындайды және қызметінен босатады. ІІМ ішкі істер органдарының бірыңғай жүйесіне басшылық жасайтын Қазақстан Республикасының орталық атқарушы органы болып табылады.
Ішкі істердің аумақтық органдары — облыстардың, республикалық маңызы бар қалалардың, Ішкі істер департаменті (ІІД) және көліктегі, қалалық, қалалардағы аудандық (ҚІІБ, АІІБ), ауылдық, жол бойының ішкі істер бөлімдері ішкі істер органдары жүйесінің негізгі буыны, аталған органдар ішкі істердің өздерінен жоғары тұрған органдарына және жергілікті атқарушы органдарға тікелей бағынады.