Түркістан Автономиясы немесе Қоқан автономиясы — Түркістан өлкесі халықтарының өзін-өзі басқаруын қамтамасыз ету мақсатында 1917 жылы 28 қарашада Ресей мемлекеті құрамында құрылған автономиялы мемлекет. Оның өмірге келуіне кеңестік биліктің Түркістан халықтарының өзін-өзі басқару құқығын мойындамауы түрткі болды. 1917 жылы Қазан төңкерісі жеңген соң, 22 қараша күні Ташкентте өз жұмысын аяқтаған 3-Түркістан өлкелік кеңестер съезі өлкеде кеңес билігінің орнағанын, соған байланысты Түркістан Халық Комиссарлары Кеңесінің құрылғанын, өлкедегі биліктің ендігі уақытта соның қолына өтетіндігін мәлімдейді. 14 мүшесі бар бұл үкіметтің құрамында жергілікті мұсылман халықтарының бірде-бір өкілі жоқ еді. Бұл кеңестік биліктің отаршылдық сипатын танытқан оқиға болатын. Бұған жауап ретінде қүрамында Мұстафа Шоқай, Махмұд Бехбудий, т.б. бар "Түркістан өлкесі мұсылмандар кеңесі" 26 қараша күні Қоқан қаласында 4-Түркістан өлкелік төтенше мұсылмандар съезін шақырды. Үш күнге созылған съезд 28 қараша күні Түркістан өлкесін Түркістан автономиясы деп жариялап, Түркістан Құрылтайын шақырғанға дейін саяси биліктің Түркістан Уақытша Кеңесі мен Түркістан халық билігіне өтетіндігі жөнінде қаулы қабылдады. Түркістан Уақытша үкіметінің төрағасы және Ӏшкі істер министрі болып Мұхамеджан Тынышпаев, Ӏшкі істер министрінің орынбасары болып заңгер Ә.Оразаев бекітілді. Уақытша үкіметтің Сыртқы істер министрі қызметіне Мұстафа Шоқай тағайындалды. Көп ұзамай Түркістан автономиясы үкіметінің төрағасы Мұстафа Шоқай болды. Түркістан автономиясының құрылуын Түркістан өлкесінің жергілікті халықтары зор қуанышпен карсы алып, оған қолдаушьшық танытуға даяр екендіктерін білдірді. 1918 жылы қаңтарда Түркістан қаласында өткен Сырдария қазақтарының съезі Сырдария облысы Алаш автономиясы жарияланғанға дейін Түркістан автономиясы құрамында болатындығын білдірді. Халық зор үміт артқан Түркістан автономиясын 1918 жылы 2 ақпанда Кеңес үкіметі қарулы күшпен таратып, оның бірнеше мүшелерін тұтқынға алды.