Арнайы топтағы оқушылар үшін дене шынықтырудың басты міндеттері төмендегілер болып табылады: • салауатты өмір салтын насихаттау, сонымен қатар оқушылардың физикалық даму процесінде өз құқықтарын білуі;
• аурудан әлсіреген органдары мен жүйелерінің функционалдық деңгейін арттыру;
• физикалық және ақыл-ой қабілеттерін арттыру;
• оқушылардың ағзалары аллергияларға, суық тию ауруларына және созылмалы инфекцияларға қарсы тұра алуы үшін олардың иммундық жүйелерін жақсарту;
• дұрыс мүсін қалыптастыру және оны түзету;
• дұрыс тыныс алу техникасына үйрету;
• негізгі қимыл-қозғалыс қабілеттері мен дағдыларын дамыту;
• адамгершілік тәлім-тәрбиеге үйрету;
• оқушыларды дене шынықтыру сабақтарында және өмірдегі басқа жағдайларда өздігінен әрекет етуге тәрбиелеу;
• барлық оқушылар үшін тиімді жұмыс істеу жағдайларын жасау.
Арнайы медициналық топтағы оқушылардың шалдыққан сырқаттарының ауырлығына және сипатына байланысты дене шынықтыру сабақтарында дифференциалды оқыту үшін оларды А және Б кіші топтарына бөлу ұсынылады.
А кіші тобы – денсаулықтарында түрлі ахуалы бар, қалпына келтіруге болатын ауытқулар бар оқушылар.
Б кіші тобы – сыртқы ағза мен ішкі органдар жүйесінде ауыр сырқатқа шалдыққан, қалпына келтіруге болмайтын өзгерістері бар оқушылар (мысалы, жүрек-қан тамырлары ауруы, несеп шығару жолдарының аурулары, бауыр аурулары; көру қабілетінің жоғары деңгейде бұзылуы, мысалы, перифериялық көру қабілетінің бұзылуы және т.б.)