Биоинформатика және
Рефлексия Салыстырмалы геномиканың мәні мен мүмкіндіктерінің
жүктеу/скачать 5,26 Mb.
|
Все лек
Каз
- Бұл бет үшін навигация:
- Алдыңғы біліммен байланыс
- Ensembl – теңдестіру әдісі
- Геномды салыстыру не үшін қажет
- ДНҚ деңгейіндегі эволюция
- Адам және тышқан геномын салыстыру
- Ген сапасын жоғарылату
- Ортологтар мен паралогтарды болжау алгоритмі
РефлексияСалыстырмалы геномиканың мәні мен мүмкіндіктерініңмаңызы Биоинформатика және биофизика3 - д ә р і с . Салыстырмалы геномика үшін биоинформатикалық құрал. Филогенетикалық талдау Дәріс жоспары:Геномды салыстыру Гомологтар және тұқымдастар Тізбектілікті теңдестіру (Sequence alignment) Оқу нәтижелері:Филогенетикалық талдау үшін теңдестіру мәні мен маңызын сипаттайды Ensembl -де филогенетикалық талдау жолын көрсетеді Гендік және түрлер ағашының ерекшеліктерін, ұштастыру мәнін талдайды Гомологтар мен туыстықты биоинформатикалық құралдармен бағалайды Алдыңғы біліммен байланысГеном дегеніміз не? Салыстырмалы геномиканың мәні мен мазмұны неде? Ортолог және паралог дегеніміз не? Синтения ұғымының мәні неде? Сөйлем: Түйін сөз тіркесі: филогенетикалық ағаш Синоним/Антоним: Компьютерлік биология Сурет: Сөйлем: Түйін сөз тіркесі: тізбектілікті теңдестіру (sequence alignment) Синоним/Антоним: Компьютерлік биология Сурет: Ensembl – теңдестіру әдісіНуклеотидтік деңгейде салыстыру Амин қышқылдық деңгейде салыстыру Жаһандық теңдестіру Эволюциялық тұрғыдан жақын түрлерге қолданылады Мысалы, адам және тышқан Эволюциялық тұрғыдан алыс түрлерге қолданылады Мысалы, адам және зебра балық Көптеген түрлерді теңдестіру Геномды салыстыру не үшін қажет?Эволюция/түр түзілуді жақсы түсінуге көмектеседі Сапаны бақылау! Тізбектіліктің маңызды, функционалдық аймақтарын анықтауға мүмкіндік береді (кодондар, промоторлар, реттеуші аймақтар) Жақсы анықталмаған немесе жоғалтылған басқа түрлердегі гендерді PhD докторы Коразбекова К.У., орналастыра аламыз ДНҚ деңгейіндегі эволюцияГеномды салыстыру Сүтқоректілер геномында шамамен 1 миллиард негіздік жұп бар Адам генінің 98 пайызынан көбі приматтарда кезедеседі, гендерде 95-98 пайыздан артық ұқсастық бар Жеміс жегісінің 60 пайыз гені адамда кездеседі Адам және тышқан геномын салыстыруАдам геномының 40 пайызын тышқанмен теңдестіріледі Адам геномының 24 пайызы тышқанда жоқ (тышқанның арнайы гендері) Ген сапасын жоғарылатуПсевдогендерді қалпына келтіру Ensembl ұқсастықты қалай болжайды?Барлық түрлер қолданылады Балжау тізбегі: BLAST және тізбектілікті кластерлеуден басталады Гендер туыстығы түрлер туыстығымен салыстырылады Ортологтар мен паралогтарды болжау алгоритміEnsembl-де қолданылатын барлық түрлердің әрбір гендерінің ең ұзын трансляциясын жүктеңіз Genomе wide-manner –да барлық басқа гендерге қарсы әрбір геннің WU BLAST + SMITH WATERMAN жасаңыз Best Reciprocal Hits (BRH) және Blast Score Ration (BSR) бағалаулары негізінде ген қатынасының графигін құрастырыңыз Байланысқан компоненттерді (=бір байланысты кластерлер), ген туыстығын көрсететін әрбір кластерлерді бөліп алыңыз Әрбір кластер үшін MUSCLE қолдана отырыпақуыз тізбегі негізінде мульти теңдестіруді құрастырыңыз Әрбір теңдестірілген кластер үшін PHYML қолдана отырып филогенетикалық ағашты құрастырыңыз. Бұл кезде бұқтақтанбаған (unrooted) ағаш алынады. Ішкі тарамдардағы (node) дупликация оқиғаларын анықтау үшін әрбір ген ағашын түрлер ағашымен ұштастырыңыз және ағашты бұтақтатыңыз (TreeBeSt) Әрбір ген ағашы үшін ортолог және паралог типтерінің гендік жұптасу қатынасы бойынша қорытынды жасаңыз жүктеу/скачать 5,26 Mb. Достарыңызбен бөлісу:
|