Биоинформатика және



бет5/21
Дата19.03.2022
өлшемі5,26 Mb.
#136189
1   2   3   4   5   6   7   8   9   ...   21
Байланысты:
Все лек

Түрлер ағашы




Түрлер және гендер ағашы


Гендер/түрлер ағаштарын ұштастыру - TreeBeSt




Ұштастыру




Ensembl-дегі ағаштардың көрінісі


Гомологтар типтері: ортологтар және паралогтар



  • Ортологтар: ата тектік тармағы түртүзілу оқиғасы болып табылатын гендік жұптасу қатынасы

  • Паралогтар: ата тектік тармағы дупликация оқиғасы болып табылатын гендік

жұптасу қатынасы


Ортологтар және паралогтар түрлері




    • бір2бір ортолог


    • Бір2көп ортолог
    • Көп2көп ортолог


    • бір2бір нақты ортолог



    • түрішілік паралог


    • түраралық паралог





GeneView-дегі ортологтар




Ақуыздар туыстығы

  • Қалай: кез-келген түрдегі әрбір изоформа үшін (транскрипт) кластерлік ақуыздар

  • Не үшін: “жаңа” гендер/ақуыздар қызметін болжау ген өзара байланысын түсіну

Ақуыздар деректерін жинау


  • 1,800,000 аға ақуыздар кластерленген

  • Барлық түрлер бойынша барлық Ensembl ақуыз болжамдары: 895,070

  • UniProt -тағы барлық жануарлар ақуыздары:



Кластерлеу стратегиясы


  • BLASTP all-versus-all салыстыру

  • Марков кластерлеуі

  • Әр кластер үшін:



Бүкіл геномды теңдестіру – Не үшін?





тізбегіндегі ұзын аймақтар) анықтау


Достарыңызбен бөлісу:
1   2   3   4   5   6   7   8   9   ...   21




©engime.org 2024
әкімшілігінің қараңыз

    Басты бет