Салыстырмалы анатомия ағзалар құрылысының ұқсастығы мен айырмашылықтарын зерттейді. Органикалық дүниенің бірлігінің бірінші басты дәлелі, барлық ағзалардың денелерінің ең кіші бірлік жасушадан тұруы яғни жасуша теориясы.
Органикалық дүние эволюциясының және оның бір түбірден шыққандығының (монофилия) дәлелі гомологиялық мүшелер мен рудименттер және атавизмдердің болуында.
Шығу тегі мен құрылысы бір-біріне сәйкес келетін, бірақ әртүрлі қызмет атқаратын мүшелердің гомологиялық деп аталатынын жоғарыда айтқамыз.
Рудименттердегеніміз эволюция әрекеті кезінде өзінің алғашқы мәнін жоғалтқан мүшелер, олар қалдық түрінде сақталған. Адамдарда рудименттер саны 100–ге таяу: ақыл тіс, адам қаңқасындағы құйымшақ (ол өсіп жетілмей, өзара бітісіп немесе бірігіп кеткен 4-5 омыртқалардан құралады), адам бүйенінің құрт тәрізді өсіндісі – соқыр ішек, құлақ қалқанын қозғалысқа келтіретін бұлшықет, көздің ішкі қиығында орналасқан үшінші қабақ және тағы басқалар. Ата-тектерінде бұл мүшелер жақсы дамып белгілі бір қызмет атқарған, ал кейіннен эволюция барысында өздерінің алғашқы мәндерінен айырылып, қалдық түрінде сақталған мүшелер.
Атавизмдер дегеніміз арғы алыс түрған ата-тектеріне тән белгілердің ұрпағында қайталануы болып табылады. Олардың рудименттерден айырмашылығы олар қалыпты жағдайдан ауытқу болып табылады. Адамдардың атавизмдерден: құйрығы, денесінде қалың түгі, қосымша емшектері болып туатын жағдайлары да болады.
Эмбриология – ағзалардың ұрықтық дамуын зерттейтін ғылым. Салыстырмалы эмбриологиялық зерттеулер барлық омыртқалы жануарлардың ұрықтарының даму кездерінде болатын ұқсастықтарды дәлелдеді. Ағзалардың басым көпшілігі ұрықтанған жұмыртқадан дамиды. Ұрықтың даму кезінде олар келесі сатыларды басып өтеді: зигота, бөлшектену, бластула, гаструла, үш қабатты ұрық, желінің, жүйке түтігінің, асқорыту түтігінің қалыптасуын (барлық омыртқалы жануарлардың ұрықтары даму кезінде осы сатылар арқылы қалыптасады).
Палеонтология – ағзалардың қазбадан табылған қалдықтарын зерттейтін ғылым. Жер бетінен ... жойылып кеткен яғни қазбадан табылған жануарлардың сыртқы көрінісін қалпына келтіру арқылы олардың құрылысының кәзіргі жануарлармен ұқсастығы және айырмашылығы палеонтологиялық әдістермен анықталады. Мысалы ертедегі геологиялық қабаттардан тек омыртқасыздар типтерінің қалдықтары ғана табылса, кейініректегі қабаттардан – желілер типіне жататын өкілдердің қалдықтары, ал ең жасырақ қабаттарда кәзіргі заманғы түрлерге ұқсас жануарлардың қалдықтары сақталған.
Палеонтологтар қазба қалдықтар бойынша құрып кеткен ағзалардың сыртқы көрінісі мен құрылысын тіршілік еткен кезіндегідей етіп қалпына келтіріп, өсімдіктер мен жануарлар әлемі туралы біле алды.
Палеонтологиялық деректерден әртүрлі жүйелеу топтарының арасындағы бірізді байланыстар туралы көп материалдар алуға болады. Бір жағдайларда өтпелі формаларды анықтауға тура келсе, екінші жағдайда - филогенетикалық қатаралрды, яғни бірінен соң бірі дәйектілікпен алмасып тұратын түрлер қатарын анықтаудың сәті түсті.
Биогеография - жануарлар мен өсімдіктер дүниесінің жер бетінде таралу заңдылықтарын зерттейді. Планетаның жеке бөліктері неғұрлым ерте оқшауланса, сол территорияны мекендейтін ағзалардың да айырмашылығы көбірек байқалады.
Тірі табиғаттың тарихи дамуы қарапайымнан күрделіге қарай, төменгі сатылы формалардан жоғары сатылыға қарай яғни прогрессивті жолмен жүрді. Сонымен қатар эволюция әрекеті ағзаларды қоршаған орта жағдайларына бейімдеу арқылы жүрді. Тіршілік жағдайының өзгерісі бір бейімділіктің екінші бейімділікпен алмасуын тудырады.