Зәр тұнбасын микроскопиялық зерттеу Зәр тұнбасы зәрді центрифугамен 2000 жылдамдықпен 10 минут айналдыру нәтижесінде пайда болады. 12 мл зәрден пайда болған тұнбаны 1 мл тұнба үстілік ерітіндімен араластырып микроскопиялық зерттеу жүргізеді. Қышқыл реакциялы зәрде цистин және зәр қышқылы кристалдарын анықтауға болады. Сілтілі зәрде фосфат және кальций оксалаттарының кристалдары анықталады. Әртүрлі бүйрек ауруларында зәрде әртүрлі клеткалар анықталады – эритроциттер, лейкоциттер, эпителий клеткалары (бүйрек каналдарының эпителийі, несеп ағар жолдарының эпителийлері, қуықтың, зәр шығару жолдарының жалпақ эпителийі). Эритроциттер және лейкоциттер зәрге зәр шығару жолдарының әртүрлі жерлерінен түседі. Егер таңертенгілік зәрде микроскопта көз алағында 2 жоғары эритроциттер анықталса – эритроцитурия деп аталады( гематурия). Дені сау адамдардың зәрінде микроскоп арқылы зерттегенде көз алаңында 5 лейкоциттер анықталады. Зәрде лейкоциттердің жоғарлауын лейкоцитурия деп атайды. Айқын лейкоцитруияда клеткалар жинақталады. Пиурия дегеніміз макроскопия арқылы зәрде іріңнің анықталуы.
Зәрдегі лейкоциттерді морфологиялық зерттеуге зәрдің жіңішке жұғындысын Романовский – Гимзе әдісімен бояп микроскопиялық зерттеу арқылы зерттеу жатады.
Бактерия Зәрде бактериялар анықталуы мүмкін. Олар Грам бойынша бояғанда анықталады. Ең маңызды болып зәрді қоректік ортаға егу жатады, ол бактериурия сатысының сандық бағалау үшін керек. 1 мл зәрде 100000 бактерияның анықталуы – бактериурия деп аталады. Зәрді қоректік отраға егу арқылы бактерияның түрін және антибиотикке деген сезімталдығын анықтауға болады.
Цилиндрлер Цилиндрлер зәрдің баяу бүйрек ішілік жылжуы нәтижесінде немесе айқын протеиурия және ондағы кейбір элементтерге(эритроциттер, лейкоциттер, бүйрек каналдарының эпителийі) байланысты түзледі. Цилиндрлер белоктардың каналдардың қуысында шөгуінен де пайда болады. Цилиндрлер тек кана белокты(гиалинді және балауыз тәрізді) және клеткалы (эритроцитарлы, лейкоцитралы, эпителиальді болады). Цилиндрлердің пайда болуы бүйрек паренхимасының ауыр зақымдалғанын көрсетеді.