«Молодой учёный»
.
№ 3 (137)
.
Январь 2017 г.
28
Информатика
ровались на референсный геном:
считалась доля числа
контигов, в которых доля правильных нуклеотидов была
больше заданного порога. Результаты приведены в та-
блице 1.
Таблица
1.
Результаты эксперимента по сборке синтетического генома для разных значений k
Длинна k
—
мера
Качество картирования,%
16
70%
20
81%
26
97%
По итогам проверки качества сборки было выбрано
значение k = 26.
После получения графа де Брейна встала необходи-
мость произвести сжатие элементарных путей. Был при-
менен алгоритм сжатия, который позволил
удалить около
20000 вершин из 111277. В результате получился граф го-
товый к построению контигов за приемлемое время. Харак-
теристики полученных контигов представлены в таблице 2.
Таблица
2.
Достарыңызбен бөлісу: 
