1991–1993 жылдары М.Мақатевтың үш томдық шығармалар жинағы жарық көрді. Шығармалар жинағының екінші томына «Шолпан» (1984) жəне «Жырлайды жүрек» (1989) атты кітаптарына енген өлеңдері мен поэмалары, ал үшінші томына «Өмір — өзен» (1979) атты кітабына енген өлеңдері мен поэмалары топтастырылды.
1994 жылы ақынның «Жылап қайттым өмірдің базарынан» атты жыр кітабы шықты. Бұл еңбекте Мұқағалидың бұған дейінгі басылымдарына енбеген, дүние салғаннан кейін əр жылдары газет- журналдарда жарияланған жаңа жырлары топталды.
2000 жылы əдебиет, өнер жəне сəулет саласындағы саңлақ суреткерлердің бір тобына Қазақстан Республикасының Мемлекеттік сыйлықтарын беру туралы шешім қабылданды. Лауреат атанған саңлақтардың арасында Мұқағали Мақатаевтың есімі ерекше мақтанышпен айтылды. Марқұм бұл абыройға «Атамұра» баспасынан 1999 жылы жарық көрген «Аманат» атты жыр жинағы үшін ие болды. Бұл жинаққа негізінен бұрын шыққан екі жəне үш томдықтарында жарияланбаған, кейіннен табылған аманат жырлары енгізілді.
М.Мақатаевтың соңғы жылдары басылым көрген төрт томдық еңбегі (2002, 2006) тіл байлығымен тəнті етеді. Мұқағали əлемі — Жер, Планета, Адам болмысы, Тыныштық, Сенім. Əсіресе ақынның өзек жарып айтар ойы — адам тағдыры, адамның тірлігі, мінезі мен құлқы, сезімі мен түйсігі. Осының бəрін ақиық ақын жас дарынға тəн қайталанбас шеберлікпен, тəңірдің таңдайынан төгілгендей поэтикалық мінсіз үйлесіммен, əр жүрекпен тіл табысар сыршыл да шыншыл сезіммен, нағыз поэзияға тəн бейнелі образдармен бедерлеп, өлмес өнер деңгейінде туындатып отырды. Ол өз шығармалары арқылы қазақ поэзиясын жаңа биіктерге көтеріп, мазмұнын байытты. Оның қанатты поэзиясы қазақ халқының сезімін байытып, кісілігін биіктетіп, парасатын кемелдендіре түсті. Қазіргі жастар Мұқағали жырымен нəрестелерін бесікке бөлеп, шілдехана тойларын өткізуде.
М.Мақатаев аударма саласында да өзіндік шеберлік-шалымымен толымды еңбектер тындыра алды. Ол əлем əдебиетінің алыптары — ағылшын Шекспирдің «Сонеттерін», америкалық Уитменнің «Шөп жапырақтарын», Италияның ұлы ақыны Дантенің «Құдіретті комедиясын» тəржімалады. Бірақ дара дарын туындыларының бағы жанған кезі кейінгі жылдары ғана.