Мекеме алғаш рет Оңтүстік Қазақстан облыстық білім басқармасының «Экология орталық» МКҚК 1954 жылы Шымкент қаласында Жас натуралистер станциясы болып іргетасы қаланды. Ол уақытта станция балансында 15 га оқу-тәжірибе учаскісі бар подхоз ұйымдастырылған еді. Онда алма бағы, көкөніс дақылдары және жүзім өсірумен айналысқан. Сондай-ақ жеміс ағаштарының тәлім бағында көшеттер өсірілген. Сол жылдары белсенді үйірме мүшелерін Москва каласындағы Бүкілодақтық халық шаруашылығы жетістіктерінің көрмесіне, Кеңес Одағының үлкен қалаларына экскурсияларға жіберу арқылы ынталандырылып отырған.
Облыстық жас натуралистер станциясы 1999 жылдың сәуірінен бастап Облыс әкімінің №97 шешіміне сәйкес Оңтүстік Қазақстан Экологиялық білім беру орталығы болып қайта аталды. Ал 2005 жылдың бірінші қаңтарынан Шымкент қаласы әкімдігінің экологиялық білім беру орталығы болып өзгерді. 2011 жылдың қаңтар айында облыс әкімінің шешімімен Облыстық білім басқармасының «Экологиялық орталық» МКҚК болып қалыптасты.
Оңтүстік Қазақстан облысы білім басқармасының «Экологиялық орталық» МКҚК Оңтүстік Қазақстан облысы әкімінің 2017 жылғы 07 желтоқсандағы №346 қаулысына сәйкес Оңтүстік Қазақстан облысы білім басқармасының «Экологиялық орталық» КММ болып қайта ұйымдастырылды.
Облыс орталығы Түркістан қаласына көшуіне байланысты Түркістан облысы әкімінің 2018 жылғы 25 тамыздағы №250 қаулысына және Шымкент қаласы әкімінің 2018 жылғы 13 қыркіүектегі №165 қаулысына сәйкес Оңтүстік Қазақстан облысы білім басқармасының «Экологиялық орталық» КММ Шымкент қаласы білім басқармасының «Экологиялық орталығы» КММ қайта қалыптасты.
Шымкент қаласы әкімдігінің 2020 жылғы 28 қаңтардағы №44 қаулысына сәйкес Шымкент қаласы білім басқармасының «Экологиялық орталығы» КММ Шымкент қаласы білім басқармасының «Экология, өлкетану және туризм орталығы» КММ болып қайта бекітіліп қалыптасты.
1954 жылдан бастап қазіргі уақытқа дейінгі мекемені басқарған басшылар:
1954-1961ж.ж. Юган Юрий Владимирович
1961-1965ж.ж. Нормухамедов Нодир Султанович
1965-1983ж.ж. Курганбаев Курбан Курганбаевич
1983-1985ж.ж. Полякова Надежда Ивановна
1985-1996ж.ж. Ким Онега Илинична
1996-2007ж.ж. Искакова Сәулен Адырбековна
2007-2014ж.ж. Ахметов Мырзабай Бекзалбекұлы
2014 жылдың мамыр айынан бастап «Экологиялық орталығы» КММ басшы қызметін Камытбекова Улжан Жайлауовна атқарып келеді.
Жалпы 32 үйірме бағыты жұмыс жасайды. Арнайы дайындалған қосымша білім беру бағдарламалары қазақ және орыс тілінде жүргізіледі. Жалпы топ саны – 160. Онда 1500 білім алушы қамтылу көзделуде.