Ішектің қалыпты микрофлорасының оң функциялары: 1. Колонизациялық төзімділік;
2. Синтетикалық функция-бактериялардың дәрумендер, гормондар, антибиотиктер шығару қабілеті;
3. Иммунологиялық төзімділік үшін маңызды лизоцим, секреторлық иммуномодулиндер, интерферон құрамының жоғары деңгейін ұстап тұру;
4. Экзогендік және эндогендік субстраттар мен метаболиттерді детоксикациялау;
Метаболизм функциясы-бактериялардың ақуыздар, көмірсулар, липидтер, нуклеин қышқылдары, тұздар, өт қышқылдары және басқа да өмірлік маңызды заттар алмасуына қатысуы.
Ас қорыту-шырышты қабықтарға морфокинетикалық әсер, абиотикалық компоненттердің сіңуі, қоректік заттардың транзиті, газ құрамы, ішектің бұлшықет тонусы, ішек қозғалғыштығы, ішек құрамын эвакуациялау.
Нормобиоценоз жағдайында қалыпты ішек микрофлорасының қорғаныс және физиологиялық функциялары кестеде көрсетілген.
Белгілі бір жағдайларда адамның микрофлорасы адам ағзасының өмірлік белсенділігі мен күйіне жағымсыз әсер етуі мүмкін. Іріңді-қабыну реакцияларының пайда болуы, аллергиялық тәртіптің көптеген клиникалық көріністері бар ағзаның сенсибилизациясы, организмде плазмидалар мен мутагенге қарсы және антимутагендік белсенділігі бар гендердің пайда болуы мүмкін.