Подвижность обеспечивает внутриклеточный аппарат движения: пучки миофибрилл, обвивающие тело трепонемы. Крепятся к базальным телам у полюсов клетки, в середине заканчиваются свободно
Для некоторых спирохет показано формирование атипичных морфологических форм: клеток со вздутиями, округлых тел (ранее обозначавшихся как цисты) и биопленко-подобных агрегатов.
Их ультраструктуру изучают с помощью электронной микроскропии.
Для изучения спирохет в окрашенном состоянии применяют:
1. Метод Романовского-Гимзы. Представители разных родов окрашиваются в разные цвета: в сине-фиолетовый – боррелии, в бледно-розовый – трепонемы, в красно-розовый – лептоспиры.