Гепарин үздіксіз көктамырішілік инфузия түрінде немесе жүйелі көктамырішілік инъекциялар түрінде, сондай-ақ тері астына (іш аймағына) тағайындалады.
Алдын алу мақсатында 8-12 сағат аралықтармен тері астына тәулігіне 5000 ӘБ-ден. Теріастылық инъекциялар салу үшін әдеттегі жер іштің алдыңғы-бүйірлік қабырғасы болып табылады (айрықша жағдайлардаиық немесе санның жоғарғы аймағына енгізеді), осы орайда жіңішке ине пайдаланылып, бас бармақ пен сұқ саусақ арасында ұсталатын тері қатпарына ерітіндіні енгізіп біткенше перпендикулярлы терең енгізіледі. Әр кезде енгізу орынын ауыстырып отыру керек (гематома түзілуін болдырмау үшін).
Алғашқы инъекцияны операция басталғанша 1-2 сағат бұрын салады; операциядан кейінгі кезеңде 7-10 күн бойы, қажет болған жағдайда ұзақтау уақыт енгізеді.
Емдік мақсаттарда енгізілетін гепариннің бастапқы дозасы, әдетте, 5000 ӘБ құрайды және көктамыр ішіне енгізіледі, сонан соң емдеуді көктамырішілік инфузияларды пайдаланумен жалғастырады.