Радиоактивті изотоптар – тірі клеткадағы ақуыз, нукленин қышқылдары, көмірсу және т.б. молекулаларды зерттеу үшін қолданылады. Рабиоактивті молекулалар мынадай алуан түрлі клеткаішілік процестерді зерттеу кезінде қолданылады: молекулалардың өздерінің ізашарларынан синтезделуі, молекулалардың клеткаішілік локализациясын, олардың жұмыс істеу уақыттарын, макромолекулалардың жекелеген аймақтарындағы химимялық өзгерулерін анықтау.
Ультрацентрифугалау –1926 жылы Т.Сведберг аналитикалық центрифуганы ашқан соң кең қолданысқа ие болды. Клетканың тығыздығы әртүрлі болып келетін компоненттерін центрифугалау тәсілі арқылы бір-бірімен қоспай белек зерттеуге болады. Аналитикалық центрифуга көмегімен Т.Сведберг гемоглобиннің молекулалық массасын анықтады. 40-50 жылдары А.Клоди мен Ж.Браше клетка органеллаларын бөліп алуға арналған диффернциалды центрифугалау әдісін жасады, бұл әдіс көмегімен Де Дюв алғаш рет 1953 жылы лизсосманы кейін пероксисоманы бөліп алды.
Храматография.Қазіргі уақытта храматографияның көптеген нұсқалалры бар, мысалы әртүрлі типтегі матрикстерді (тасымалдаушыларды) қолданатын, ақуызды зарядына байланысты (ионалмасу храматография), молекулалар мөлшеріне байланысты (гель-храматография) немесе матрикспен аздаған байланыстағы заттардың химимялық топтарымен ерекше өзара әрекеттістіктеріне ажыратуға мүмкіндік беретін және т.б.
Электрофорез –бұл әдістің негізінде белгілі бір оң немесе теріс зарядтар жиынтығына ие ақуыздардың молекулаларының пішіні мен көлемі, зарядының мөлшеріне сәйкес элетрлік жазықьықта қозғалу қабілеті жатыр. Электрофорезді сулы (буферлік) ерітіндіде, крахмалды, агарлы, полиакрилді-амидті гелде, целлюлозалы, нитроцеллюлозалы пластинкаада жүргізуге болады. Электрофорез әдісінде ДНҚ-ны гельмен беті жабылған пластинкаға орналастырады. Мұнда көлемі жағынан кішкене бөліктер ірі бөліктерге қарағанда жылдам ауысады. Он шақты нуклеотидтері бар мини-сателлиттер арнайы радиоактивті «зондтар» аркылы бөлініп алынады.