Практическая работа №1. Молекулярные визуализаторы и молекулярные конструкторы. Построение молекулярных структур. Цель



Pdf көрінісі
бет3/4
Дата06.06.2023
өлшемі338,08 Kb.
#178348
түріПрактическая работа
1   2   3   4
Байланысты:
Практическая работа №1. Молекулярные визуализаторы и конструкторы. Построение молекулярных структур

MacMolPlt
– наиболее удачная программа Бретта Боуда (Brett Bode, 
университет штата Айова) для подготовки исходного файла и визуализации 
результатов расчетов, выполненных с помощью программы GAMESS. Сайт: 
https://brettbode.github.io/wxmacmolplt/MacMolPlt_Manual.html
  
Facio
– это бесплатная программа 3D-графики на основе OpenGL для 
молекулярного моделирования и визуализации квантово-химических расчетов 
(GAMESS и Gaussian). Разработана профессором Масахико Суенага (Masahiko 
Suenaga, Ph.D., Kyushu University, Japan). Поскольку внутри Facio используется 
формат PDB (Protein Data Bank), он также может отображать 3D-структуру 
биологических макромолекул, таких как белки и нуклеиновые кислоты, с 
выделением 
их 
вторичной 
или 
четвертичной 
структуры. 
Сайт: 
https://zzzfelis.sakura.ne.jp/
  
Molekel
- бесплатная кроссплатформенная программа молекулярной 
визуализации с открытым исходным кодом. Разработан в Женевском 
университете Питером Ф. Флюкигером в 1990-х годах для Silicon Graphics 
Computers. В 2006 г. Швейцарский национальный суперкомпьютерный центр 
(CSCS) перезапустил проект, и 21 декабря 2006 г. была выпущена уже версия 5.0. 
Программа содержит различные методы ускорения рендеринга молекул с 
поддержкой методов детализации, зависящих от вида. Предусмотрены также 
программируемые и стандартные шейдеры для улучшения качества обводки 


контуров и выполнения рендеринга, подобного эскизу. Реализована анимация 
молекулярных поверхностей и колебательных режимов. Доступен экспорт 
изображений с высоким разрешением для печати с разрешением и экспорт 
анимации. Сайт: 
https://ugovaretto.github.io/molekel/
  
Mercury
- это бесплатное программное обеспечение, разработанное 
Кембриджским центром кристаллографических данных. Mercury предоставляет 
возможность трехмерной визуализации кристаллической структуры, а также 
рисовании и анализе кристаллической упаковки и межмолекулярных 
взаимодействий. Текущая версия Mercury может читать файлы типов в т.ч. «.cif», 
«.mol», «.mol2», «.pdb», «.res», «.sd» и «.xyz». Mercury доступен в виде бесплатной 
загрузки программного обеспечения и полной версии Mercury с более 
расширенными функциями, доступными с лицензией CSD, расширенные 
функции отключаются при отсутствии такой лицензии. Кембриджский центр 
кристаллографических данных (CCDC) предоставляет лицензию CSD 
академическим учреждениям.
Сайт: 
https://www.ccdc.cam.ac.uk/solutions/software/free-mercury/
 
Более подробную информацию о программах, руководства пользователей, а 
также установочные файлы можно найти на указанных сайтах. 


Достарыңызбен бөлісу:
1   2   3   4




©engime.org 2024
әкімшілігінің қараңыз

    Басты бет