Негізгі бөлім 2.1. ДНҚ маркер деген не? ДНҚ маркерлері (ДНҚ маркерлері) немесе молекулалық-генетикалық маркерлер - бұл белгілі бір ген немесе хромосоманың кез келген басқа бөлігі үшін әр түрлі генотиптерді салыстыру кезінде ДНҚ-ның нуклеотидтік дәйектілігі деңгейінде молекулалық биология әдістері арқылы анықталған полиморфты белгі, тұқымдар, сорттар, желілер.
Молекулалық салмақ маркерлер дегеніміз не?
Молекулалық салмақ маркерлері - бұл электрофорез гельіне қолданылатын ақуыздың немесе нуклеин қышқылының фрагментінің шамасын анықтау үшін қолданылатын стандарттар жиынтығы. Бұл стандарттарда фрагменттердің (немесе белоктардың) алдын-ала анықталған мөлшері мен концентрациясы бар. Іргелес үлгі жолақтарына маркерлерді жүктеген кезде сынама фрагментінің немесе ақуыздың мөлшері оңай анықталады және концентрациясы бағаланады.
ДНҚ баспалдақтарында әртүрлі мөлшердегі ДНҚ фрагменттері бар. Бұл баспалдақтар кейде белгілі бірізділікті плазмидалық ДНҚ-ны рестриктикалық-ферменттік қорытудан жасалады. Көбінесе ДНҚ молекулалық салмағының маркерлері мен баспалдақтары екі форматта болады: алдын-ала жүктеу бояғышымен немесе бөлек жүктеу бояғышымен араластырылған.
ДНҚ баспалдақтарында белгілі бір қадамы бар фрагменттер ұзындығымен бірдей мөлшердегі және бірдей қарқындылықтағы ДНҚ жолақтары бар. Мысалы, ДНҚ баспалдақ фрагменттері 100 ат күші мен 4000 ат күші аралығында болуы мүмкін. Сатылы баспалдақтар концентрацияны бағалауға арналмаған. Олар үлкен немесе аз дәйекті қадамдармен әдеттегі баспалдақтан гөрі қиыршықтың ұзындығын нақтырақ тексеру қажет болғанда өте жақсы болады.
ДНҚ баспалдақтары сияқты, РНҚ баспалдақтарында да әртүрлі көлемдегі РНҚ фрагменттері бар. Фрагменттердің мөлшерін анықтау үшін РНҚ-ны электрофорез үшін денатураттайтын гельмен өңдейді. РНҚ электрофорез гельдері арқылы ДНҚ-ға қарағанда көбірек қозғалатындықтан, тиісті нуклеин қышқылының баспалдақтарын (ДНҚ-ға қарсы РНҚ) пайдалану керек.
Ақуыздың молекулалық салмағы маркерлері белоктардан тұрады, олардың салмағы кДа-мен өлшенеді. Олар көбінесе SDS-PAGE және Western blotting кезінде қолданылады. Ақуыздың молекулалық салмақ маркерлері кейде ақуыздың көші-қонын тексергенде және тасымалдау тиімділігін бақылайтын кезде бақылау ретінде қолданылады.