Мониторинг жүйесі үш деңгейге бөлінеді. Олар: санитарлық-улылық, экологиялық және биосфералық мониторинг.
Санитарлық-улылық мониторинг
Санитарлық-улылық мониторинг - бұл қоршаған орта жағдайларын, ең алдымен зиянды заттар, ұсақ ағзалар жәнепаразиттердің ластандыру дәрежесін бақылау, осы ластанудың адамға, жануарлар мен өсімдіктер әлеміне және қоршаған ортаға әсерін зерттеу.