2. Негізгі бояуыштармен фосфор қышқылын бөліп алу. Негізгі бояуыштар кері зақымдалған фосфатты топтармен бір немесе бірнеше тандаулы түстер береді. Соған қарамастан, нуклейн қышқылдарын бояу әдістерінің біреуі де абсолютті мамандалған болып саналмайды, сол себептен бөлінетін қышқылдық топтар нуклейн қышқылына жататындығын анықтайтын бақылау реакцияларын жүргізу керек
1.Тиазиндік бояуыштармен бояу. Бұл топтың бояуыштарына метилен көгін ұсынуға болады. Ол тезерігіш бояуыш құрамында азур мен метилен күлгін қоспасы болуы мүмкін. Забуференді ерітіндіде метилен көгімен бояу жақсы нәтижелер береді. Бірақ рН 3 тен 5-ке дейін тек нуклейн қышқылдары емес, сонымен қатар қышқыл мукополисахараидтерде боялады. Оларды Нуклеазамен бақылау тәжірибелерінің көмегімен бөліп алуға болады.
Метилен көгінен басқа, pH 4,0-6,0 кезіндегі РНҚ байланысатын толуидинді көгі пайдаланылады. Акролеин және толуидинді көгін қолдану арқылы, Федер және Вольфа әдісінің көмегімен, түрлі екі топтың нуклейн қышқылдарын бояуды (ДНҚ – күнгірт-көк, РНҚ – ашық-қызыл түсті) алуға болады. Крезильді күлгін РНҚ мен бірге pH 4.2 кезде әсер етеді, сондықтан РНҚ-ң цитофтометриялық санын анықтау кезінде ғана қолданылады.
