Организмнің қалыпты микрофлорасы өзіндік «экстракорпоральді орган» ретінде,адам өмірінде маңызды рөл атқарады. Қалыпты микрофлораның қызметі мен маңыздылығы әрқилы болып келеді. Организмнің бейспеңификалық төзімділік (резистенттілік) факторы. Қалыпты микрофлора патогенді және шіріткіш микрофлораға қарсы антагонистік қасиетке ие, ол сүт қышқылы, сірке қышқылы, антибиотиктер, бактериоциндер өндіріп әсер етеді; аса жоғары биологиялық потенциалы есебінен бөтен микрофлорамен бәсекелеседі. Тұз-су алмасуына қатысады, ішегің газдық құрамын, ақуыз, көмірсу, май қышқылдары, холестерин, нуклеин қышқылының алмасуын реттеуге, сонымен бірге антибиотик, витамин (К,В тобы) т.б. сияқты биологиялық белсенді қосылыстарды өндіруге қатысады. Экзогенді субстраттар мен метаболиттерді усыздандыру (детоксификациялау) мен қорытуға қатысады, оны бауыр қызметімен салыстыруға болады. Стериодты гормондар мен өт тұздарының рециркуляциясына,бауырдан ішекке метаболиттерді экскрециялау және оған қайтару нәтижесінде қатысады. Организмнің эртүрлі ағзалары мен жүйелері дамуында морфокинетикалық рөл атқарып, шырышты қабықтардың физиологиялық қабынуы мен эпителий алмасуына қатысады. Ішекте канцерогенді заттарды бұзып, антимутагенді қызмет атқарады. Соған қарамастан кейбір бактериялар күшті мутагендер өндіруі мүмкін. Ішек бактерияларының ферменттері жасанды қанттаушы цикломатты қуық үшін белсенді канцерогенге (циклогексаминге ) айналдырады. Биологиялық үлбір құрамына енетін микроорганизм экзополисахаридтері (гликокаликс) микроб жасушаларын әртүлі физикалық- химиялық әсерлерден қорғайды. Ішекгің шырышты қабыгы биологиялық үлбір астында орналасады деп есептеледі.
