Шағын жинақты мектептердің басты мәселелерін былай көрсетуге болады:
- қосалқы сыныптарда оқу өткізудің ыңғайсыздығы;
- аз толтырылған сыныптарда оқытудың дәстүрлі әдістемелерінің артық болуы;
- кәсіптік білім беруді ұйымдастыруға мүмкіндік жоқтығы;
- қосымша білім беру ұйымдарының және мәдени орталықтардың жоқтығы;
- арнайы ғылыми-әдістемелік кешендердің болмауы;
- мұғалімдердің, әсіресе, тәжірибесіз жас мамандардың шағын жинақты мектеп ерекшелігіне байланысты оқыту үдерісіне дайын болмауы;
- мұғалімдердің біріктірілген сыныптардағы сабаққа дайындалу, өткізу барысында шамадан тыс жүктеме орындағанына қарамастан, еңбекақыларына үстемеақы қосылмауынан, ынталарының төмендеуі;
- әмбебап кәсіби педогогикалық мамандардың жетіспеушілігі;
- мұғалімдер ұжымының орташа жас көрсеткішінің жоғарылығы;
- оқу үдерісінің интерактивті-мультимедиялық құралдармен, зертханалар мен компьютерлік сыныптармен жасақталмауы, жасақталған күнде де мұғалімдердің барлығының бірдей ондай заманауи құрылғылармен жұмыс істеуге дайын болмауы;
- сыныптағы оқушы санының аздығына қарамастан, жыл санап ҰБТ көрсеткішінің төмендігі.
ШЖМ - тің жоғарыда келтірілген артықшылықтармен қоса, кемшіліктері, кері жақтары да бар:- мұғалімдер ұжымының аздығына қарай, әрбір мұғалімнің шығармашылық белсенділігінің артуына жол болмайды; - сабаққа дайындалуда оқытушы шектен тыс жүктеме орындайды; - мұғалім әрбір сыныппен сабақтың белгілі бір бөлігінде ғана жұмыс жасауға мүмкіндігі бар, ал қалған уақытта тек оқушылардың өздік жұмысын ұйымдастыруға, оны басқаруға ғана жұмсалады; - мұғалімнің зейіні екі немесе одан да артық сынып оқушыларына бөлініп отырады; - өзіндік жұмысты орындау барысында оқушылар мұғалім тарапынан жеткілікті мөлшерде көмек ала алмайды; - белгілі бір жастағы балалар болмағандықтан, ұжымдық жұмыс ұйымдастыруға мүмкіндік жоқ; - оқушылардың өздік жұмысы басқа сынып оқушыларының шуылы, кедергі жасауы барысында жүргізіледі, мұның өзі оқушының тапсырманы түсіне отырып орындауына кері әсер етеді; - ШЖБМ оқушылары көпке дейін өз ойын ашық айтуға, қандай да бір мәселені ауызша талдауға, өзгенің талдауын, талқылауын, ойын тыңдаудан кенде, кейін қалады;
ШЖМ - тің жоғарыда келтірілген артықшылықтармен қоса, кемшіліктері, кері жақтары да бар: - мұғалімдер ұжымының аздығына қарай, әрбір мұғалімнің шығармашылық белсенділігінің артуына жол болмайды; - сабаққа дайындалуда оқытушы шектен тыс жүктеме орындайды; - мұғалім әрбір сыныппен сабақтың белгілі бір бөлігінде ғана жұмыс жасауға мүмкіндігі бар, ал қалған уақытта тек оқушылардың өздік жұмысын ұйымдастыруға, оны басқаруға ғана жұмсалады; - мұғалімнің зейіні екі немесе одан да артық сынып оқушыларына бөлініп отырады; - өзіндік жұмысты орындау барысында оқушылар мұғалім тарапынан жеткілікті мөлшерде көмек ала алмайды; - белгілі бір жастағы балалар болмағандықтан, ұжымдық жұмыс ұйымдастыруға мүмкіндік жоқ; - оқушылардың өздік жұмысы басқа сынып оқушыларының шуылы, кедергі жасауы барысында жүргізіледі, мұның өзі оқушының тапсырманы түсіне отырып орындауына кері әсер етеді; - ШЖБМ оқушылары көпке дейін өз ойын ашық айтуға, қандай да бір мәселені ауызша талдауға, өзгенің талдауын, талқылауын, ойын тыңдаудан кенде, кейін қалады;