Гидрофобтыәрекеттесу хроматографиясы Нәруыздар мен хроматографиялық матрица арасындағы гидрофобты әрекеттесуді нәруыздарды тазарту үшін пайдалануға болады. Гидрофобты әрекеттесу хроматографиясында матрица материалы гидрофобты топтармен алмастырылған. Бұл топтарға метил, этил, пропил, октил немесе фенил топтары кіреді. Тұздың жоғары концентрациясы болғанда, нәруыздардың бетіндегі полярлы емес бүйір тізбектер гидрофобты топтармен әрекеттеседі; гидрофобты эффект ерітіндінің иондық күшінің жоғарылауымен артады. Осылайша, үлгі бағанға полярлығы өте жоғары буферде түседі. Элюант әдетте тұз концентрациясы төмендетілген, жуғыш заттар концентрациясы жоғарлаған (олар гидрофобты әрекеттесуді бұзады) немесе рН өзгертілген судағы буфер болып табылады.
Жалпы, гидрофобты әрекеттесу хроматографиясы (HIC) үлгі рН өзгеруіне немесе өте күшті еріткіштерге сезімтал, ал жоғары тұз концентрациларына шыдамды болса тиімді болып табылады. Әдетте, талдау кезінде буфердегі тұздың мөлшерін өзгертіп отырады. 2012 жылы Мүллер мен Францреб ірі қара сарысуының альбуминін (BSA) қолдана отырып, төрт түрлі гидрофобты шайырдағы HIC-ға температураның әсерін сипаттады. Зерттеу температураны өзгертіп, BSA-ның матрицамен байланыс жақындығына әсерін зерттеді. Цикл температурасының 10-50 C болуы BSA-ны матрицадан шайып шығуға жеткіліксіз екенін, дегенмен баған аз ғана рет қолданылса өте тиімді екені анықталды.[18] Температураны өзгерту арқылы әсер ету мүмкіндігі зертханаларға тұзды сатып алу шығындарын азайтуға және ақшаны үнемдеуге мүмкіндік береді.
Егер тұздың жоғары концентрациясы мен температураның өзгерісін болдырмау қажет болса, өте гидрофобты бәсекелес затты қолдануға болады. HIC-дің тұзға тәуелсіз әдісі деген атпен белгілі бұл әдіс Адамның G иммуноглобулинін (IgG) тікелей қан сарысуынан жеткілікті шығыммен бөлуге мүмкіндік берді. IgG-ды матрицадан ығыстыру үшін бәсекелес ретінде бета-циклодекстринді пайдаланды. Бұл тұзға сезімтал үлгілерді HIC арқылы бөлуге мүмкіндік ашады, өйткені тұздың жоғары концентрациялары нәруыздарды тұндырады.