Шағатай көтерілісі (1693-1705) Галдан Бабақтың ұлы II Абд ар-Рашид ханды қуыршақ хан қылып сайлайды. Жаңа хан Аппақ қожаны тағы қашуға мәжбүрлейді, кейін Яркентте бей-берекетсіздіктер орнаған кезде, Абд-ар-Рашидтің де билігі құлайды. Оның орнына бауыры Мұхаммед Имин хан келеді. Мұхаммед жоңғарлармен шайқаста Цин әулетінен, Бұхар хандығы мен Ұлы Моғолдар империясынан көмек сұрайды. 1693 жылы Мұхаммед Жоңғар хандығына сәтті шабуыл жасап, 30 мың әскерін тұтқынға түсіреді. Алайда, Аппақ қожа тағ пайда болып, ізбасарларымен бірлесіп төңкеріс жасап, Мұхаммедті құлатады. Таққа Аппақ қожаның ұлы Яхия қожа отырады, бірақ билігі ұзаққа бармайды, 1695 жылы ергілікті көтерілісті басу кезінде әкесі екеуі де өлтіріледі. 1696 жылы таққа Мұхаммед Мүмин хан отырады, бірақ Қашқардың қайыршылары оны мойындаудан бас тартып, қырғыздармен одақтасып, Яркентке шабуыл жасап, Мүмин ханды тұтқынға алады. Яркенттің қайыршылары жоңғарлары барып, олар 1705 жылы қырғыздарды ығыстырып шығарады. Жоңғарлар шағатайлық емес Мырза Әлім Шах Бекті билеуші етіп сайлайды, сонымен шағатай хандары билігі мәңгілікке тоқтайды.
Екінші қазақ-жоңғар соғысы (1698) 1698 жылы галданның орнына келген Цэван Рабдан Теңіз көлі мен Түркістанға дейін жетеді, ал жоңғарлар, 1758 жылы оларды қытайлар жойып жібергенге дейін Жетісу, Түркістан мен Ташкентті бақылауында ұстайды.
Екінші Цин соғысы (1718-1720) Цэван Рабданның бауыры Цэрэн Дондуп 1717 жылы Хошут хандығына басып кіріп, Еше Гьяцоны құлатып, Лхавзан ханды өлтіріп, Лхасаны талан-таражға салады. 1718 жылы оған жауап ретінде император Канси соғысқа шығады, бірақ оның әскерін жоңғарлар Салуин түбінде қырып тастайды. Канси жіберген екінші ірі экспедиция 1720 жылы жоңғарларды Тибеттен қуып шығады. 1721 жылы Турфан мен Пичанның тұрғындары Әмин қожа көсемнің бастауымен Цин әулетінің жағына шығады.
Галдан Цэрэн (1727-1745) 1727 жылы Цэван Рабдан өлгеннен кейін, оның орнына ұлы Галдан Цэрэн келеді. Ол қазақтар мен халха моңғолдарға қарсы соғысын жалғастыра береді. өз боданы – халхаларды шабуылдан құтқару үшін Цин әулетінің императоры Юнчжен 10 мың әскерін жібереді, бірақ оларды Хотон Нуур көлінің жанында жоңғарлар ойсырата жеңеді. Алайда, келесі жылы Эрдэнэ Дзу шіркеуінің жанында халха моңғолдар жоңғарларға соққы беріп, жеңіп шығады. 1731 жылы жоңғарлар бұрын Цин жағына өтіп кеткен турфанға шабуыл жасайды. Әмин қожа турфан халқын Гансуға қарай шегіндіріп алып кетеді де, олар Гуачжоуда паналап қалады. 1739 жылы Галдан Цэрэн халха моңғолдар мен Жоңғар территориясы арасында шекара жүргізуге келіседі.
