Бюджет шығыстарының функциялық сыныптамасы барлық деңгейлер бюджетінің шығыстарын топтастыру болып табылады, ол мемлекет функцияларының орындалуын, республикада мемлекеттік саясаттың жүзеге асырылуын қамтып көрсететін функциялық және ведомстволық белгілер бойынша бюджет қаражаттарының жұмсалу бағыттарын анықтайды.
Бюджет шығыстарын функциялық сыныптауды топтастыру мынадай деңгейлерден тұрады: функциялық топтар, функциялық кіші топтар, бюджеттік бағдарламалардың әкімшілері, бюджеттік бағдарламалар және ішкі бағдарламалар.
Функциялық топ —салалық белгілері мен функциялық бағыты бойынша бюджет шығыстарын біріктіру. Функциялық ішкі топ — функциялық топ ішінде бюджет қаражаттарын жұмсаудың бағыттарын нақтылайды.
Бюджет шығыстарының функциялық сыныптамасының негізінде бюджсттік бағдарламалар әкімшілерін, функциялық топтар мен бюджеттік бағдарламаларды (ішкі бағдарламаларды) топтастыру арқылы жасалатын бюджет шығыстарының ведомстволық сыныптамасы калыптастырылуы мүмкін.
Мемлекеттік басқарудың функциялары мен мемлекеттік саясатты жүзеге асыру жөніндегі бюджеттің шығыстары бюджеттік бағдарлама деп аталады..
Экономикалық нәтижелерге қарай бюджеттік бағдарламалар былайша ажыратылады:
- ағымдағы бюджеттік бағдарламалар;
- дамудың бюджеттік бағдарламалары. Белгілі бір функцияларды атқаратын мемлекеттік басқару деңгейіне қарай бюджеттік бағдарламалар республикалық бюджетте бектілетін республикалық және жергілікті бюджеттік бағдарламаларға бөлінеді.
Бюджеттік бағдарламалардың тиімділігін бағалау үш стадияда — бюджеттің жобасын әзірлеу кезінде, бюджетті атқару кезінде және бюджеттің атқарылуын бақылау кезінде жүзеге асырылады.
Жоғарғы және төменгі бюджеттердің бюджет процесіндегі қатынастары бюджетаралық қатынастар болып табылады.
Бюджетаралық қатынастар мынадай қағидаттарға негізделеді:
1 облыстар, республикалық маңызы бар қалалар, астана бюджеттерінің республикалық бюджетпен өзара қатынастарда, аудандар (облыстық маңызы бар қалалар) бюджеттерінің жоғарғы облыстық бюджетпен өзара қатынастарда тендігі;
2 түсімдерді тиімді бөлу, ол түсімдердің ара жігін ажыратудың мынадай өлшемдерін бір мезгілде сақтауды ескереді:
- төменгі бюджеттерге түрақты сипаты бар, сыртқы факторлардың әсеріне тәуелсіз салықтық және салықтық емес түсімдер бекітіледі;
- мемлекеттік мекемелер көрсеткен қызметтер үшін төлемақы болып табылатын салықтық және салықтық емес түсімдер аталған қызметтер көрсету қаржыландырылатын бюджет кірісіне түседі;
- қайта бөліну сипаты бар, сондай-ақ салық базасы әркелкі орналастырылатын салықтар бюджет жүйесінің неғұрлым жоғары деңгейлеріне бекітіледі;
- салық және бюджетке төленетін басқа да міндетті төлемдерді бекіткен кезде оларды жинаудың неғүрлым жоғары дәрежесін қамтамасыз ететін бюджет деңгейіне артықшылық беріледі;
- нақты аумақтық байланыстылығы бар салықтық базадан алынатын салықтар жергілікті бюджеттерге бекітіледі;
3 Қазақстан Республикасының әкімшілік-аумақтық бірліктерінің бюджеттік қамтамасыз етілу деңгейлерін теңестіру;
4 жергілікті атқарушы органдардың бірдей деңгейде мемлскеттік қызмет көрсетуін қамтамасыз ету;
5 мемлекеттік қызмет көрсетуде ұсынудың барынша тиімділігі мен нөтижелілігі — мемлекеттік қызмет көрсетудің неғұрлым тиімді және нәтижелі жүргізілуі мен ұсынылуын қамтамасыз ете алатын мемлекеттік басқару деңгейіне мемлекеттік қызметтер көрсетуді бекітіп беру;
6 мемлекеттік қызмет көрсету деңгейін оны алушыларға барынша жақындату—қызметтерді алушылардың қажеттерін жақсылап есепке алу және мемлекеттік қызметтер көрсету сапасын арттыру мақсатымен, керсетілетін қызметтерді атқаруды бюджет жүйесінің мүмкін болғанша неғүрлым төмен деңгейіне беру;
7 бюджеттің әрбір деңгейінің алынған ресми трансферттер мен кредиттердің тиімді және нысаналы пайдаланылуы үшін жауаптылығы.
Ресми трансферттер жалпы сипаттағы трансферттер ағымдағы нысаналы трансферттер, дамуға арналғын нысаналы трансферттер болып белінеді.