Ведомственные исторические архивы. Положение осложнялось еще и тем, что в некоторых ведомствах архивы хранили, кроме материалов действовавших учреждений, также материалы учреждений, ликвидированных в связи с теми изменениями государственного аппарата, которые сопровождали перерастание средневековой феодальной монархии в абсолютистскую монархию, приспособленную к новым условиям экономического развития, классовой борьбы и расстановки сил внутри господствующих классов. В большинстве стран Европы значительные изменения в государственном аппарате имели место в. XVI веке. В ходе их ряд средневековых учреждений были упразднены или реорганизованы. Их документальные материалы перешли, как бы "по наследству", новым учреждениям соответствующей отрасли управления; самое крупное "наследство" получили финансовое и судебное ведомства. При этом только часть материалов, преимущественно за последние годы, имела для новых учреждений справочное значение, да и то лишь в течение определенного времени. В дальнейшем же "старые дела" представляли собой обременительный груз для чиновников, не понимавших их исторической, научной ценности, не заинтересованных в них, как в пособиях для практической деятельности, но обязанных как-то хранить их как казенное имущество. Следствием этого было стремление отделить старые документы от текущих, освободить от них служебные помещения. Они перебрасываются в подвалы, башни, старые здания, непригодные для размещения действующих учреждений. При перемещениях обычно нарушался прежний порядок хранения материалов, что еще более затрудняло их использования ведомством.
В современной архивоведческой литературе архивы, хранящие материалы ликвидированных учреждений обычно обозначаются, в отличие от архивов действующих учреждений понятием "ведомственные исторические архивы". Но то время они отнюдь не рассматривались как исторические. Их научное использование было делом отдаленного будущего. Пока же они представляли собой старую, наименее нужную для ведомств часть их архивов. В их положении нашли свое воплощение наиболее негативные стороны архивного дела той эпохи. Особенно тяжелым было состояние ведомственных архивов на периферии.