Сараптама органдары мен сарапшылардың өз өкілеттігін жүзеге асыруда тәуелсіз болу принципі – мемлекеттік экологиылық сараптаманың тиімді болуының негізгі шарттаррының бірі экологиялық сараптаманы ұйымдастырушы органның және сараптамашының міндетімен қаржы жағынан тәуелсіз болуында. Бұл экологиялық комиссия мен оның мүшелерінің өз ойларын еркін аутуға, фактілерді ғылыми негіздегі әдістермен белгілі құқықтық дәрежеде қорытынды жасауға мүмкіндік береді. Экологиялық сараптаманы ұйымдастырумен өткізуде сараптаушы органдырдың меңгерушілеріне ҚР-ның заңдары мен басқа да нормативті құқықтық актілері олардың еркіндігі мен қызметіне кепілдеме береді (ҚР экологиялық сараптама заны, 18-бап). Сонымен қатар сарапшының сараптама жүргізуіне байланысты қызметіне мемлекеттік органдар мен лауазымды кісіледің араласуын тиым салынған. Мемлекеттік экологиялық сарапшының құқығына немесе басқа да материалдық зиян келтіретіндей жағдайға себепші болғандарға сот және әкімшілік жаза қолданылады, ал ол істерге кінәлілер ҚР-ның заңдары бойынша жауапқа тартылады.
Сараптаушы органдардың тәуелсіздігіне өз қызметтерінің атқарылуы кезінде заң жағынан кепілдік беріледі, бірақ экологиялық сараптама және оның органдары мен құрылымдары табиғат ресурстары және қоршаған ортаны қорғау министрлігінің, құрамында болып, ол министрліктің ішкі тәртіп ережелеріне қарай оның қарамағындағы меншік иесі бола отырып, қызметін атқарады делінген. Демек, табиғи ресурстар және қоршаған ортаны қорғау министрлігі табиғат ресурстарының меншік иесі және оны тұтынушы болып әрі сол меншікке экологиялық сараптаманы да өзі жүргізуші болып табылады. Яғни, бұл министрлік өзінің меншігіндегі қызметтерді тексереді және өздеріне экологиялық сараптама жүргізеді.
Табиғат ресурстары және экология министрлігінің бекітілген ережелерінде төмендегі функциялар көрсетілген.
Жұмыс тапсырысшы ретінде (заказчик) болу.
Қоршаған ортаны қорғау саласында мемлекеттік – экологиялық сараптама жүргізу.
Министр негізгі Бас экологиялық сарапшыны тағайындайды (табиғат ресурстары және экология министрлігі туралы ҚР 20.11.1997.№1622 ережесі, 53 бап). Бұл жерде тәуелсіздіктік шектеулі екені көрініп тұр. Сондықтан, министірлік өз қарауындағы табиғи ресурстардың экологиялық сараптамасын өзі жасағандығынан оның қарамағындағы сарапшылып әрине тәуелсіз сараптама жасайды деп айту қиын.
Бұл принціп ведомствалық ұғымымен толықтырылса жоғарыда айтылған кемшіліктерден арылып, сарапшылардың тәуелсіздік кепілдігі пайда болып, комиссияның обьективті қорытынды жасауға мүмкіндігі туар еді. Өйткені, экологиялық сараптама қзінің қызметі тәуелсіз орындап жеке ведомстваның мүддесін емес, экологияның мүддесін жақтауы қолдауы қажет. Сонда ғана экологиялық сараптманың мақсаты мен міндеттері орындалған болады.