Мемлекеттік экологиялық сараптаманың (МЭС) міндеттілік принципі – қоршаған ортаны қорғаудың, шаруашылық шешімді қабылдауға бастама болатын, барлық жоба бойынша жұмыстардың жүргізілуі мен қаржыландырылуы мемлекеттік экологиялық сараптама қорытындысы оң болған жағдайда ғана міндетті шара болып табылады. Бұл принцип мемлекеттік экологиялық сараптаманың жүргізілуі алдында сарапталатын обьектінің қауіпсіздік ережелерінің талаптарының сәйкестігін есепке алу және оған қызметін бастау үшін экологиялық сараптама шешімінің қаулысы берілген МЭС міндеттілігі туралы хабарландырылады. Мемлекеттік экологиялық сараптама шешімінің дұрыс болуы іске асырылатын обьектінің қаржыландырылуының шарттарының бірі бола алады, сонымен бірге сараптама шешімінің дұрыс болмауы қаржыландырылмайтын обьекті екенін көрсетеді. Бұл принцип халықаралық – құқықтық қызметке де қатысты, яғни халықаралық келісім бойынша мемлекеттік экологиялық сараптама талаптарының міндеттілігін орындамау – келісімнің орындала алмауына негіз бола алады. Экологиялық сараптаманың міндеттілігі көбінесе қоршаған ортаға зиянды әсер ете алатын жобалар мен бағдарламаларға қатысты болады.
