Биоинформатика ғылымы, мақсаты мен міндеттері
жүктеу/скачать 0,96 Mb.
|
биоинфо Асыл
Есептер жиынтығы, 357434-1, Джексон Эндрю
- Бұл бет үшін навигация:
- 7. Биологиялық деректер қорының мақсаты мен қолданылуы Мақсаты
- 8. Биологиялық деректер категориялары Деректер категориялары
| 5. Биоинформатика салалары
6. Биоинформатикадағы FASTA форматы FASTA - нуклеотидтер немесе амин қышқылдары бір әріпті кодтар арқылы бейнеленетін нуклеотидтер тізбегін немесе аминқышқылдары (белоктар) тізбегін көрсетуге арналған мәтінге негізделген формат. Бұл формат сонымен қатар реттілік атаулары мен түсініктемелерге реттіліктердің алдында рұқсат береді. Пішім FASTA бағдарламалық пакетінен шыққан, бірақ қазір биоинформатика саласындағы әмбебап стандартқа айналды.FASTA пішімінің қарапайымдылығы мәтінді өңдеу құралдары мен R бағдарламалау тілі, Python, Ruby, Haskell және Perl сияқты сценарий тілдерін пайдаланып тізбектерді өңдеуді және талдауды жеңілдетеді. FASTA пішімінде FASTA анықтау сызығы деп аталатын нуклеотидтер тізбегінің алдындағы жол каратпен («>»), одан кейін бірегей SeqID (тізбек идентификаторы) басталуы керек. 7. Биологиялық деректер қорының мақсаты мен қолданылуы Мақсаты: • Кез келген зерттеу саласы бойынша ауқымды есептеулер, талдау және болжау жүргізу (мысалы, ақуыздың реттілігін, оның құрылымдық талдауын, термиялық тұрақтылығын, ДНҚ-мен байланысу ерекшелігін зерттеу және т.б.) • Кез келген жаңа ғылыми зерттеулер үшін деректердің қолжетімділігін тексеру • Эксперименттік мәліметтерді бар мәліметтермен салыстыру Қиындықтар • Биологиялық деректердыі қамтитын мәліметтер қорын пайдалану қажеттілігі артып келеді -> өңдеу қажет • Биологиялық деректердің түрлері әр түрлі (нуклеотидтер, белоктар, геномдар, таксономиялар және т.б.) • Бір типті деректер қорларындағы мазмұн әртүрлі тәсілдермен ұсынылуы мүмкін, әртүрлі файл пішімдері бар және т.б. -> деректерді бейімдеу қажет • ДҚ құрылымы жағынан айтарлықтай ерекшеленуі мүмкін – интерфейстер қажет 8. Биологиялық деректер категориялары Деректер категориялары • Нуклеотидтер тізбегі • РНҚ тізбегі • Белоктардың тізбектері • Құрылымдар • Геномия (омыртқасыздар) • Зат алмасу және сигнал беру жолдары • Адамның және басқа омыртқалылардың геномдары • Адам гендері және аурулары • Микромассив эксперименттік деректері және басқа ген экспрессиясы дерекқорлары • Протеомдық ресурстар • Басқа молекулярлық биологиялық мәліметтер базасы • Жасуша органоидтары • Өсімдіктер • Иммунология • Жасуша биологиясы жүктеу/скачать 0,96 Mb. Достарыңызбен бөлісу:
|