Биоинформатика ғылымы, мақсаты мен міндеттері
жүктеу/скачать 0,96 Mb.
|
биоинфо Асыл
Есептер жиынтығы, 357434-1, Джексон Эндрю
- Бұл бет үшін навигация:
- 10. Деректер қорының типтері Мәтіндік
- Сандық деректер
- Тізбектілік туралы деректер
- 11. Мұрағаттық деректер қоры Мұрағаттық деректер қоры
| 9. Геномдық браузерлер
Genome Browsers • Геномдық ДНҚ хромосомаларда орналасқан. • Геномдық шолғыштар хромосомалардың идеограммаларын (суреттерін) көрсетеді, олар ақпараттың әртүрлі түрлерін көрсететін (хромосомадағы қызығушылық аймағының локализациясына қатысты) пайдаланушы таңдаған «аннотация тректері» бар. • Ең маңызды үш геномдық браузерлер: NCBI картасын қарау құралы, Ensembl UCSC (Калифорния университеті, Санта-Крус) 10. Деректер қорының типтері Мәтіндік - Мәтіндік ақпаратты және биологиялық деректерге қатысты сілтемелерді қамтитын PubMed немесе OMIM мәтіндік дерекқорларының мысалдары. Сандық деректер- Гендік экспрессия деректері, сондай-ақ микроаррей технологиясы арқылы алынған басқа деректер. Мысал: Еуропалық биоинформатика институтының (EBI) ArrayExpress дерекқоры немесе NCBI жанындағы GEO. Байланыстар- Дерекқорлардың көпшілігінде қызығушылықтың немесе зерттеу пәнінің белгілі бір аймағындағы кез келген реттілікке қатысты ақпарат бар. Дерекқорлардың әртүрлі түрлері, мысалы, байланысты ресурстарды көрсететін басқа дерекқорлары бар белоктық домендер мен ақуыздар отбасылары арасындағы байланыстар жиынтығынан тұратын InterPro дерекқоры. Тізбектілік туралы деректер- GenBank және UniProt сәйкесінше ДНҚ және ақуыз тізбегі бар биологиялық дерекқорлардың мысалдары болып табылады. Белоктардың құрылымы - Мысалы, PDB, SCOP және CATH дерекқорлары сияқты белгілі бір ақуыз құрылымы файлдарымен байланысты дерекқорлар 11. Мұрағаттық деректер қоры Мұрағаттық деректер қоры • еркін түрде қалыптасатын ретсіз немесе аз реттелген ақпарат массиві • кез келген қолданушы өз мәліметтерін орналастыра алады • қате деректерді табу өте жиі кездеседі • дерекқорлардан алынған ақпарат өте мұқият өңделуі және қосымша тексеруден өтуі керек • Мысалдары: • GeneBank & EMBL (Нуклеотидтер тізбегінің негізгі дерекқоры) • PDB (Ақуыздың кеңістіктік құрылымы дерекқоры) жүктеу/скачать 0,96 Mb. Достарыңызбен бөлісу:
|