Екінші дүниежүзілік соғыс басталған соң, ізін ала Балтық жағалауы, Батыс Украина, Батыс Белоруссия, Бессарабиядан «жағымсыз элементтерді» күштеп көшіріп-қоныстандыру қолға алынды. Егер соғысқа дейін бұл әрекет мемлекет қауіпсіздігін күшейту қажеттігімен түсіндірілсе, соғыс кезінде ұлттық-аумақтық автономиялары бар тұтас халықтар қуғын-сүргінге ұшырады. Сөйтіп, тоталитаризмнің таптық саясаты жаңа «сапалық» деңгейге өткен еді. 1941 жылы 28 тамызда барлық немістерді жаппай диверсиялық және шпиондық әрекеттерге қатысты деп айыптады.
Басқа халықтар да дәл осындай «логикалық актілермен» депортацияға үшырады. Бас кезінде олардың кейбіреулерінің немесе көпшілік бөлігінің өз Отанын сатқандығы атап өтілді, артынан аталған халықтарды түтастай шығыс өңірлерге көшіру туралы шешім қабылданды. Дөл осындай «сценариймен» қарашай, қалмақ, шешен, ингуш, балқар жөн6 т.б. Солтүстік Кавказ, Грузия, Қырым өңірінен халықтар көшіріліп, ұлттық автономиялар жойылды. Басқаша айтқанда, олардан ұлттық мемлекеттілігі тартып алынды.
30—40-жылдардағы халықтар депортациясы қоғамдық-әлеуметтік форманың жоспарлы акциясына, адам психикасына әсер ете отырып, халықты ұлттық тамырынан айыруды ойластырған тағылық эксперимент, ғаламды қайта құру тәжірибесіне айналды.
Күштеп қоныс аудару кезінде жол бойында және арнайы лагерьлер мен тұрақжайларда бұл халықтардың жартысына жуығы опат болды.
Оларды бір сәтте туған жерінен айырып, мал сияқты жүк вагондарымен Қазақстанға әкеліп, 24 сағаттың ішінде бүтіндей халықтарды көшіріп-орналастырып үлгерді.
Сталиндік куғын-сүргін кезінде осы халықтардың алдыңғы қатарлы зиялыларына қарсы «үлкен террор» жасалды, ұлттың бетке ұстарлары тұп-тамырымен жойылды. Жер-жерлерде ұлттық мектептер, газет-журналдар жабылды.
Солтүстік Кавказ, Грузия, Қырым, Қалмақ өңірлеріне күшпен жүргізілген депортациялар өзінің көлемі жағынан ауқымды болды. 1942 жылдың күзіне қарай кеңес әскерлері шығысқа қарай шегіне отырып, Еділ жағалауы мен Үлкен Кавказ қыраты алқабына жақындады. Шешен-Ингушетияның бір бөлігі, сондай-ақ карашай, балқар, қалмақтар мекендейтін аймақ жау қолында қалды. Тек Сталинград пен Курск түбінде Гитлер армиясын талқандағаннан кейін ғана Солтүстік Кавказ өңірі жаудан азат етілді. Алайда жаудан азат ету аяқтала салысымен фашистік басқыншылармен жақындасты деген желеумен бұл халықтарға саяси қуғын-сүргін басталды.
1943 жылы Қарашай автономиялы республикасы жойылып, қарашайларды көшіру туралы қаулы қабылданды. Жалпы саны 45,5 мың адам Қазақстанның Жамбыл және Түркістан облыстарына орналастырылды. Қалған отбасы Қырғызстанға, Өзбекстанға аттандырылды.
Депортацияның қайғылы қасіреті балқарларға да келіп жетті. 1936 жылы құрылған Кабардин—Балқар АКСР-нан 1944 жылы наурыз айында 650 мыңдай шешен, ингуш, калмақ, қарашайлар көшірілді. Бүкіл техника, НКВД құрамалары мен армия бөлімдерінен 19 мыңдай офицер мен әскерлер қатыстырылған бұл операцияны Ішкі істер халық комиссары Берияның өзі баскарды. Жалпы саны 40 мыңдай балқарлардан Солтүстік Кавказ түгелдей «тазартылды», 46,6 мың балқар отбасы оңтүстік облыстарға қоныстандырылды. Қалғандары Қырғызстанға жөнелтілді. Балқарларды көшіргеннен кейін республика Кабардин АКСР-і болып атала бастады.
1944 жылдың ақпан айынан кейін Қызыл Армиядан босатылған шешен және ингуш ұлтының әскери адамдары НКВД-нің арнайы қоныстарының қарамағына өтті. Дәл осындай жағдай майданда жүрген депортацияланған халықтардың барлығына қатысты болды. Олардың барлығы өздерінің туған-туыстары тұрып жатқан қоныстарға немесе Орал, Сібір өнеркәсіп өндірісіне жіберілді. КСРО- ның баска НКВД лагерьлеріндегі шешендер мен ингуштер Қарағанды лагеріне ауыстырылды. Дағыстан АКСР-да, Грузияда, Әзірбайжанда, Краснодар өлкесі, Дондағы Ростов, Астрахан облысында тұрып жатқан шешендер мен ингуштар да депортация қармағынан аман қалған жоқ, көші-қон 1945 жылдың соңына дейін жалғасты. 1945 жылға карай Қазақстанға көшірілген шешендер мен ингуштардың жалпы саны 406,3 мың адамға жетті. 1944 жылы 7 наурыздағы КСРО Жоғарғы Кеңесінің бұйрығымен Шешен-ингуш АКСР-і жойылды. Барлық ауданның аттары өзгертілді. Шешен-ингуш АКСР-інің орнына Грозный облысы қүрылды. Облысқа дейін барлық жергілікті халықтың 58%-ын құраған шешен мен ингуш халқы осылайша туған жерлерінен қол үзді. Грозный облысына ондаған мың орыстар мен аварлар, осетиндер, украиндар әкелінді.
1944 жылы Орталық Азия мен Қазақстанға Грузиядағы күрділердің екінші толқыны, 1948—1950 жылдары үшінші толқыны күштеп көшірілді. Әзірбайжанда қалған күрділердің біраз бөлігі қуғын-сүргінге ұшырау қаупінен қоркып, құжаттарын өзгертіп, өзірбайжан болып жазылуға мәжбүр болды. Екінші дүниежүзілік соғыс аяқталғаннан кейін майданнан қайтқан майдангер-күрділер өз туғандарын таба алмай әуре-сарсаңға түсті. Олардың өзі 50-жылдардың соңына дейін арнайы қоныстардағы НКВД органдарына айына 2 рет белгіленіп тұруға міндетті болды.
1943 жылғы 28 қазандағы бұйрық негізінде Қалмақ АКСР-інен 2,2 мың адам Қызылорда облысына орналастырылды.
Фашистік Германия басып алынған аумақтар азат етілген сайын сол жерлердегі халықтарды депортациялау ісі де жалғаса берді. 1944— 1945 жылдары азат етілген Украина, Беларусь және Балтық өңірінде бұрыннан мекендеп келе жатқан немістер Сібір мен Қазақстанға көшірілді. 1945 жылдың соңына қарай Қазақстанға 9 мың неміс отбасы орналастырылды.
Ел басшылығындағы шовинистік пиғылдардың ұлт саясатындағы белгілері жекелеген халықтар мен ұлт азшылықтарын «жағымсыз элемент» ретінде көшірудің белең алуынан көрінді. Әңгіме бірінші кезекте Қырым және Грузия аудандарындағы халықтарды тарихи Отандарынан көшіру туралы болып отыр.
1921 жылы құрылған Қырым АКСР-інде орыстар, украиндар, қырым татарлары, гректер, болгарлар, армяндар мекендеді. 1944 жылы Берияның бұйрығымен Қырымды «кеңестерге қарсы элементтерден» тазартуға 2000 жүк машинасы өзірленді. 1944 жылы мамырда 50 эшелонға тиелген татар ұлты өкілдері түгелдей Қырым АКСР-інен қуылды. Депортация барысында Қазақстанға 4501 татар, 7 мың болгар мен гректер әкелінді. Депортацияға ілінген месхеттік түріктер Грузияның оңтүстік-батыс аудандарынан 1944 жылы қарашада Қазақстанға өкелінді. Жалпы, 1943—1944 жылдары Қазақ КСР-іне 109,3 мың отбасы арнайы қоныстандырылды.