Микроскопияны жүзеге асыру үшін әр түрлі микроскоптар (люминисцентті, фазалық-контрасты және қара толқынды саптамалары бар жарықтық) қолданылады. Микроскопия критерийі кемінде 10 көру өрісін зерттеу болып табылады. Микробтарды бояу әдістері әртүрлі және көп. Тірі микроорганизмдерді бояу олардың қозғалу сипаты мен дәрежесін зерттеуге мүмкіндік береді. Бұл әдістерді қолдану тірі жасушалардың анилин бояғыштарына сезімталдығымен және препараттардың тұрақсыз түсімен шектеледі. Сондай-ақ, осындай бояу әдістерінде микробтар өміршеңдігін сақтайды және препараттар инфекциялық материал болуы мүмкін. Микробиологиялық жұмыста микроағзалардың химиялық және құрылымдық ерекшеліктерін анықтайтын күрделі немесе сараланған болжамды қарапайым бояулар мен бояулар неғұрлым пайдаланылады. Дифференциалды әдістер арасында ең көп қолданылатын-граммен бояу. Бұл әдіс бактериялардың бояғыштарды (грамоң микробтарды) ұстау немесе спиртте түссіздендіру қабілеті (грамтеріс микробтар) анықталады, бұл олардың жасушалық қабырғаларының химиялық құрамы мен құрылымындағы айырмашылықтарға байланысты.
