Суперкомпьютер представляет собой компьютер на переднем крае возможностей обработки данных, по отношению к скорости вычислений. Суперкомпьютеры используются для решения научных и инженерных задач, которые обрабатывают числа и данные, в то время как мэйнфреймы сосредоточены на обработке транзакций.
Мэйнфреймы и суперкомпьютеры не всегда можно четко различить; Вплоть до начала 1990-х годов многие суперкомпьютеры были основаны на архитектуре мэйнфреймов с расширениями суперкомпьютеров. Примером такой системы является HITAC S-3800, который имел набор команд, совместимый с мэйнфреймами IBM System / 370 , и мог запускать операционную систему Hitachi VOS3. Таким образом, S-3800 можно рассматривать как одновременно и суперкомпьютер, и как IBM-совместимый мэйнфрейм.