Ішек дисбактериозы кезінде де организмнің реактивтілігі өзгереді. Дисбактериоз кезінде қалыпты ішек бактерияларының витамин өндіру және ферменттік қабілеттері азаяды. Сол себепті организмде витаминдердің, әсіресе олардың В-тобының, К-витаминінің жеткіліксіздігі дамуы аурутуындататын ықпалдарға организмнің төзімділігін төмендетеді. К-витаминінің жеткіліксіздігінен қанағыштыққа бейімділік байқалады. Артық өсіп-өніп кеткен ішек микробтарының ауыз қуысына, өт және несеп жолдарына, қанға тарап кетуі ауыр асқынуларға әкелуі мүмкін. Мәселен, ішкі ағзалардың ошақты іріңді қабынулары, сепсис дамуы ықтимал. Сонымен бірге тағамдық заттарға немесе бактериялардың антигендеріне аллергия дамуы мүмкін. Ішектен өзіндік уыттанудан жүйке жүйесінің бұзылыстары адамның жалпы дімкәстігіне, әлсіздігіне, бас ауыруына, еңбекке қабілеті төмендеуіне т.с.с. құбылыстарға әкеледі.
Дисбактериоз кезінде ішектерден өт қышқылдарының қайта қанға сіңірілуі бұзылынан олардың өтте азаюы байқалады. Содан өтте өт қышқылдары мен холестериннің арақатынасы төмендеуі өт жолдарында тас байлануына әкеледі.