Өсімдіктердің тіршілік ету ортасымен тығыз байланысы тек орта ерекшелігіне сай өсімдіктердің қажеттілігін ғана емес, өсімдіктер сипатына қарай қоршаған орта қасиеттері жайлы, яғни өсімдіктерді индикатор ретінде қолдануға болатындығы белгілі. Өсімдіктер мен өсімдік жамылғысы бойынша орта қасиеттері мен ерекшеліктерін анықтауды ботаниканың ерекше саласы – фитоиндикация, немесе өсімдік индикаторлар туралы ғылым жүргізеді.
Фитоиндикация өткен ғасырдың аяғында В. В. Докучаев пен Е. Варминг және басқа да ғалымдардың теориялық болжамдарының негізінде дамығандығын, жалпы және табиғаттағы элементтердің өзара байланыстары мен бір элементтің өзгеруі арқылы басқаларының өзгеріске ұшырайтындығы жайлы айтуға болатындығын айтқан. Өсімдіктер жамылғысының индикациялық маңызы өте зор болып табылады. Себебі, ол табиғаттағы басқа элементтердің арасынан ол бақылау жасауға өте жеңіл, сезімтал және ыңғайлы. Ф. Клементестің өсімдік индикаторлар жайлы айтуы бойынша, өсімдік және өсімдік қауымдастығы өзі өсіп тұрған ортаның жағдайларының ең жақсы көрсеткіші, бұл орта ерекшелігін көрсететін ерекше бір «құрал». Өсімдіктер жамылғысы сипаты бойынша, ауылшаруашылығында және де басқадай жағдайларда жерді пайдалануда, топырақтың маңызды қасиеттерін анықтап (құнарлылық, тұздылық, ылғалдылық және т.б.) тез баға беру үшін керек болған фитоиндикацияның практикалық қажеттілігі, оның дамуына ықпал етті. Сонымен қатар соңғы кезде өсімдіктерді зерттеудің дистанционды әдісінің (аэрофотосуретке түсіру және т.б.) пайда болуымен фитоиндикацияның практикалық мүмкіншілігі кеңейе түсті.
Фитоиндикация – ортаның өзгергіштігі мен ерекшеліктерін танып білумен байланысты құбылыстардың кең шеңберін қамтиды. Мысалы, су қоймасының тұздылығын ондағы өсіп тұрған су өсімдіктері арқылы, қала ауасының ластану дәрежесін өсімдіктің құрамы мен жағдайы бойынша және т.б. анықтауға болатын мүмкіншіліктерді береді. Дегенмен, фитоиндикация кең көлемде топырақ-грунттық жағдайларды анықтауда қолданылады.
Фитоиндикация нысаны болып, өсімдік және өсімдік қауымдастығы қандай белгілерді көрсете алады? Бұл: 1) топырақтың қасиеті (химиялық құрамы, құнарлылығы, тұздалу дәрежесі, қышқылдылығы, ылғалдану ырғағы); 2) тау жыныстары мен грунттың құрамы және қасиеттері (геологиялық индикация), сонымен бірге келесідей ерекшеліктер, жаңа тектоникалық үрдістер; 3) топырақ ортасындағы антропогендік өзгерістер (барлық ластану түрлері) және өткеннің ізі (мәденилеу және түрлі бұзылыстар).
Индикатор ретінде әсіресе, белгілі жағдайларға үйлескен және экологиялық амплитудасы аз өсімдіктер түрі алынады.
Мысалы, қара қандағаш - кәдімгі қарағайға қарағанда топырақ жағдайының сенімді индикаторы, себебі оның таралуы эутрофты ылғалдылығы басым тіршілік ету ортасымен шектелген, ал кәдімгі қарағай құрғақ құмда да, суланған батпақ массивінде де борды тақыр жерлерде де кездесе береді.
Индикаторларды жағымды және жағымсыз деп бөледі. Біріншісі орта ерекшелігінің сол не ол емес екеніне көрсетеді (мысалы, гигрофиттердің басым болуы топырақтың ылғалының молшылығын) көрсетеді. Екіншісі белгілі жағдайларды қоспағанда тіршілік ортасын көтере алмауы немесе одан қашуы (топырақ ерітіндесіндегі тұз концентрациясының жоғары екендігін гликофит өсімдігі жоққа шығарады).
Индикатор белгілері ретінде белгілі бір орта жағдайларын көрсететін бүкіл өсімдік бірлестігінің әртүрлі белгілері (флораның құрамы, индикатор түрлер мен экологиялық топтардың болуы не болмауы, олардың басымдылығы) және жеке өсімдіктердің (сыртқы пішіні, морфологиялық –анатомиялық ерекшеліктері - өсу формасы, бұтақтануы, гүлінің формасы немесе ерекше түсі және т.б.); химиялық құрамы, жеке физиологиялық үрдістердің интенсивтілігі, мысалы, топырақтағы әртүрлі су ырғағындағы транспирацияның дәрежесі) бола алады.
Топырақ құнарлылығының индикациясы (топырақ байлығы) – фитоиндикацияның практикада кеңінен қолданылатын бір бөлімі. Эуторфты немесе олиготрофты түрлердің басым болуы, әртүрлі «трофты» өсімдіктер тобы бойынша сандық қатынасы, нитрофилдердің немесе топырақтың фосфорға бай екендігінің көрсеткіш индикаторы - өсімдіктердің болуы – осы деректердің барлығы топырақ байлығының дәрежесін өсімдіктер арқылы нақты бағалауға көмектеседі.
Соның ішінде азот қорының молдылығына жапырақтардың жайқалып өсуі және олардың қою жасыл түсті болуы көрсетеді (тек нитрофильді өсімдіктерде ғана емес). Кейде алыстан қарағанда-ақ қандай да бір жағдаймен (жиі зоогенді) топыраққа нитраттар мен амоний тұздары жиналған жерлерде шалғын шөптесіннің үстінен қою дақты байқауға болады.
Жеке аймақтарға және өсімдіктер типіне арнайы индикациялық шкалалар, кестелер мен сұрақ кітапшалар жасалынған, олар өсімдікке қарап топырақ жемістілігінің деңгейін бағалауға мүмкіндік береді.