Әскери доктринаныдайындау бірінші кезектегі міндет болып белгіленді. Әскери доктрина – мемлекетте соғысты болдырмауға, әскери құрылысқа, елді және оның Қарулы Күштерін агрессияға тойтарыс беруге дайындауға, қарулы күрес жүргізу тәсілдеріне ресми қабылданған көзқарастар жүйесі екенін еске саламыз. Доктринаны әзірлеу кезінде бастан кешіріп отырған кезеңнің ерекшеліктері, елдерді қарсыластар мен одақтастарға дәстүрлі бөлуге көзқарастың өзгергені ескерілді. Доктринада Қазақстанның соғыс пен бейбітшілік, басқа мемлекеттердің мүдделері мен қауіпсіздігін ескере отырып, өзінің әскери қауіпсіздігін қамтамасыз ету мәселелеріне жаңа көзқарас қажет екенін басшылыққа алатыны атап көрсетілді. Онда тікелей соғыс қатерін еңсерудің сәті түскені, бірақ әскери қауіп-қатердің әлі де орын алып отырған атап айтылды. Сондықтан елдің қорғаныс қабілетін қорғау мемлекет пен бүкіл халықтың аса маңызды міндеті болып табылады.Мемлекеттің әскери саясатының құрамдас бөлігі ретіндегі әскери доктрина, бір жағынан, соғысқа жол бермеу шараларын көздеді, екінші жағынан, Қазақстан Республикасының егемендігін, тәуелсіздігін және аумақтық тұтастығын қорғау тәсілдерін айқындады. Бірінші Әскери доктринаны Жоғарғы Кеңес мақұлдады және 1993 жылғы 11 ақпанда ел Президенті бекіткеннен кейін күшіне енді.Жаңа мемлекеттердің дүниеге келуі бұрынғы Кеңес Одағының ұлан-байтақ аумағындағы геосаяси күштердің орналасуын түбірімен өзгертті. Халықаралық қатынастардың бес субъектісінің – Қазақстанның, Әзірбайжанның, Ресейдің, Түрікменстанның және Иранның ортақ теңізі болып табылатын Каспий мәртебесінің тұрлаусыздығы елеулі проблемаға айналуы мүмкін еді. Бұрыннан орын алған геосаяси теңгерім бұзылды. Осындай жағдайда Президенттің 1993 жылғы 2 сәуірдегі Жарлығымен Әскери-Теңіз күштерін құру көзделді.Республиканың өзінде сол жылдары офицерлердің барған сайын тұрақтамауының өсе түскенін ескере отырып, офицер кадрлар даярлау мәселесіне баса назар аударылды. Осыған байланысты ел басшылығы, Қорғаныс министрлігі жағдайды тұрақтандыру және осы мәселелерді шешу жөнінде қажетті шаралар қолданды. · кіші офицерлер құрамын даярлау үшін экстернат ашылды. · бұрынғы Одақтың басқа өңірлерінде қызмет еткен қазақстандық офицерлерді шақыру · бөлімдер мен құрамалар командирлерінің жауапты қызметіне жергілікті кадрлар қатарынан жас офицерлерді жоғарылату Қазақстан Республикасының Президенті – Қарулы Күштердің Жоғарғы Бас қолбасшысы Н. Ә. Назарбаев ең алдымен Қарулы Күштер құрамаларының, бөлімдер мен бөлімшелерінің, командалық құрам генералдары мен офицерлерінің жауынгерлік іс-қимылдарды жүргізудегі практикалық машықты игеруге қол жеткізуін, қазіргі заманғы жалпы соғыс қимылын жүргізу үшін қажетті тактикалық ойлау жүйесін әзірлеуін талап етті. Осы мақсатпен әскери жаттығулар белсенді түрде дайндалып, жүргізіле бастады: · 1993 жылы корпустар мен дивизиялар штабтарының қатысуымен ірі командалық-штабтық жаттығулар өткізілді. · 1994 жылғы маусымда Аягөз полигонында Қарулы Күштердің басшылық құрамымен және құрамалар мен бөлімдердің командирлерімен жауынгерлік дайындық жөніндегі сынақ сабақтары өткізілді. · 1994 жылы Отар оқу орталығының негізінде жалпы әскерлік-тактикалық жаттығу өткізілді, оның барысында он тәулік бойына Құрлықтық әскерлердің авиациямен және десанттық бөлімшелермен өзара іс-қимыл үйлесімділігі пысықталды · 1995 жылғы қыркүйекте Әскери-әуе күштерінің ұшу-тактикалық кешенді жаттығуы өткізілді. · 1996 жылғы қыркүйекте Әскери-әуе күштері бөлімдерінің жауынгерлік даярлығын тексеру, штаб қызметі мен әскери күштерді басқару дағдыларын жетілдіру және авиацияның ҚР Қарулы Күштерінің барлық бөлімдерімен өзара іс-қимылын пысықтау мақсатында жаттығулар өткізілді. Жаттығулар аяқталғаннан кейін Жоғарғы Бас қолбасшы Н. Ә. Назарбаев қолбасшыға Қазақстан Республикасы Әскери-әуе күштерінің Туын табыс етті. 1997 жылғы 17 қарашада қол қойғаннан кейін «Қазақстан Республикасының Қарулы Күштерін реформалау туралы» Президенттің Жарлығы күшіне енді, ол Қарулы Күштерді бейбіт уақытта басқаруда елеулі өзгерістер енгізілмей, өзінің міндеттерін ерекше кезеңде орындауға қабілетті, қазіргі заманғы құрылымын құруды көздеді. Қарулы Күштерді басқару жүйесіне жүргізілген қайта құру қазақстандық Қарулы Күштердің құрылымын және оларды реформалау бағдарламасын неғұрлым тиімді іске асыра алатын органдар құруға мүмкіндік берді. Қарулы Күштердің үш түрі – Жалпы мақсаттағы күштер, Әуе қорғанысы күштері, Мемлкеттік шекараны күзету күштері құрылды. XX ғасырдың 90-жылдарының аяғында ел аумағын әскери-әкімшілік құрылымға бөлу мәселесі өте көкейтесті мәселеге айналды, мұның өзі мыналарға мүмкіндік берген болар еді: · әскерлер мен әскери объектілерді Қазақстан аумағында шашыратып орналастыру, мұның өзі ұрыс қимылдары кезінде, әсіресе қазіргі заманғы соғыс құралдарын қолдана отырып ұрыс жүргізу кезінде қауқарсыздық дәрежесі мен шығын ауқымын едәуір төмендетер еді; · жалпы Қарулы Күштердің жұмылғыштығын арттырар еді, түрлі сипаттағы қауіп-қатерлерге олардың бағытына қарамастан неғұрлым жедел әрекет жасауды қамтамасыз етер еді; 1970 жылдан жұмыс істейтін Алматы Жоғары жалпыәскери командалық училище Армияның офицер кадрлар жөніндегі сұранысын қанағаттандырмады. 1999 жылы АЖЖКУ Алматы Жоғары әскери училищесі болып қайта құрылды және көп бейінді оқыту жүйесіне көшірілді. Осы кезде ол 11 мамандық бойынша офицерлер даярлай бастады, соның ішінде: командалық тактикалық мотоатқыштар, танк әскерлері, командалық тактикалық артиллерия, командалық тактикалық автомобиль әскерлері, тәрбие құрылымдарының офицерлері, командалық тактикалық байланыс әскерлері, инженерлік әскерлер, артиллериялық қару-жарақ, тыл қызметтерінің офицерлері даярланады. 1994 жылы азаматтық авиацияның Ақтөбе Жоғары ұшқыштар училищесінің әскери кафедрасы негізінде Әскери-әуе күштері факультеті құрылды, онда курсанттар 8 авиациялық мамандық бойынша оқыды, бұл факультет ӘӘК-нің әскери авиациялық мамандар жөніндегі сапалық және сандық қажеттерін қанағаттандыра алмады. Осыған байланысты 1996 жылы Кеңес Одағының екі мәрте батыры Т. Ж. Бигелдинов атындағы Ақтөбе Жоғары әскери авиациялық училищесі құрылды. ӘӘК мұқтаждары үшін байланыстың және радиотехникалық қамтамасыз етудің білікті әскери мамандарын даярлау мүмкіндіктерін белсенді түрде іздестіру жалғастырылды. 1996 жылғы маусымда Азаматтық авиация академиясы негізінде әскери факультет құрылды. Факультеттің негізгі міндеті — «радиоэлектроника» бағыты бойынша жоғары білімді мамандар даярлау, аэродромдардың байланыс құралдары мен радиотехникалық жабдығын техникалық пайдалану саласында маманданған радиоинженер кадрларын әзірлеу болды. 1996 жылғы шілдеде Мемлекет басшысы достастық кеңістігінде баламасы жоқ, бірегей кіші командалық буындағы кәсіби кадрлар даярлау жөніндегі әскери оқу орнын – кадет корпусын құру туралы шешім қабылдады. 1997 жылғы ақпанда Алматы Жоғары әскери учлищесінің негізінде Қарулы Күштердің әскери академиясы құрылды. 1999 жылы алғашқы он үш тыңдаушы Әскери академиядағы оқуды ойдағыдай аяқтап, түрлі командалық және штабтық қызметтерде қызмет өткеру үшін әскерлерге жіберілді. Әскери білім берудің өзіндік жүйесін дамытумен қатарласа Қазақстан офицерлері жетекші шетелдік әскери жоғары оқу орындарына оқуға жіберілді. Қарулы Күштерді құру жылдарында ел басшылығы жүргізіп отырған сыртқы саяси бағыт шеңберінде халықаралық ынтымақтастықтың берік іргетасы қаланды.