ХІХ-XX ғасырлардың бас кезінде Қазақстанда халыққа білім беру ісі екі: діни және зайырлы бағытта жүргізілді. XIX ғасырдың орта кезіне дейін қазақ балалары мектептер мен медреселерде мұсылманша білім алды. Оларды негізінен молдалар оқытты. Оқу ата-аналарының қаржысы есебінен жүзеге асырылды. Мұсылмандар мектебінде негізінен ер балалар оқыды.
Халық арасында медреселердің беделі күшті болды. Олар молдалар мен мектеп мұғалімдерін даярлады. Оқу мерзімі 3—4 жылға дейін созылды. Медресе шәкірттері ислам дінінің негіздері бойынша бастауыш білім алумен қатар философия, математика, медицина, тарих, тіл білімі (лингвистика) және астрономия жөнінде де едәуір хабардар болып шықты. Діни оқу орындарының басты қызметінің бірі жастардың бойына әдептілік өнегесі мен адамгершілік қасиеттерді дарыту болды. 1870 жылдан бастап патша үкіметінің бастамасы бойынша медреселерде міндетті түрде орыс тілінің негіздерін үйрету енгізілді.
Медреседе бірнеше сынып бөлмелері болды. Олар шәкірттер тұратын, дәрет алып, жуынып-шайынатын, сондай-ақ тамақтанатын бөлмелер еді. Медреседе ұстаздыққа әдетте жасы 40-тан асқан адамдар ғана қабылданатын. Олардың медресені бітіргені туралы дипломының болуы талап етілетін. Кейіннен патша үкіметі мұсылманша оқытуды да өз бақылауына алуға тырысты. Мәселен, 1867—1868 жылдардағы әкімшілік реформалар бойынша мектептер мен медреселер ашу үшін уезд бастығының арнайы рұқсатын алу керек болды. Патша үкіметі мұсылмандардың оқу орындарын ашықтан-ашық кемсітіп, қорлау саясатына көшті. XX ғасырдың бас кезінде дәстүрлі мектептер мен медреселер коғамның өскелең талаптарын қанағаттандырудан қалды. Мұсылман мектептерін реформалау қозғалысы басталды. Оны ұйымдастырушылар жадидшілдер болды. XX ғасырдың бас кезінен бастап жаңа әдістемелік мектептер пайда бола баста- ды. Оқытудың бұл әдісінің негізін қалаушы белгілі түркі тілдес халық ағартушыларының бірі, қоғам қайраткері И. Гаспринский болды.
Жадидшілдер мектептерде арифметика, география, жаратылыстану, тарих сияқты басқа да зайырлы пәндерді оқыту қажеттігін дәлелдеді. Жаңа әдістемелік мектептерде білімді де білікті мұғалімдер сабақ берді, оларда қажетті оқу құралдары мен жабдықтары жеткілікті болды. Оның үстіне, оқыту әдістемесі де әлдеқайда тиімді еді Қазақстандағы ең алғашқы жаңа әдістемелік мектеп 1900 жылы Түркістан қаласында ашылды. Ондай мектептер Ақтөбе, Жаркент, Верный, Қазалы, Қостанай, Перовск, Семей сияқты басқа да қалаларда пайда бола бастады. Қазақ зиялыларының едәуір бөлігі жаңа әдістемелік мектептерде білім алып шыққандар болатын. Мәселен, Уфадағы «Ғалия» медресесінде Б. Майлин, Орынбордағы «Усмания» медресесінде Қ. Болғанбаев және басқалары оқыды. Абай Құнанбаев та Семейдегі Ахмет Риза медресесінде жаңа әдістемелік оқыту мето- дикасын жақтаушы ұстаздардан дәріс алған болатын.
Алайда жаңа әдістемелік мектептер елге кең көлемде тарай алмады. Патша үкіметі жаңа әдістемелік мектептердің ашылуына барынша қатты қарсылық көрсетті. Себебі ондай мектептерді панисламизм мен пантүркизмнің ошақтары деп білді. Соның салдарынан 1917 жылы Қазақстан аумағында 100-ге тарта ғана жаңа әдістемелік мектеп бар еді. XIX—XX ғасырлар тоғысында тек Қазан қаласының өзінде ғана (императорлық Қазан университетінде, Қазан мал-дәрігерлік институтында, Қазан мұғалімдер семинариясында) 100-ге жуық қазақ жастары оқыды. Көптеген қазақ жастары Санкт-Петербург, Мәскеу, Томск, Саратов, Киев, Тарту, Каир, Бомбей, Стамбұл және Варшава университеттерінде оқыды. Мәселен, Санкт-Петербург университетінің заң факультетін М. Шоқай мен A. Тұрлыбаев алтын медальмен бітіріп шықты. Ал Ә. Бөкейханов Санкт-Петербург Орман институтын, С. Асфендияров Санкт-Петербург әскери медицина академиясын, А. Сейітов Томск университетінің медицина факультетін, Ж. Досмұхамедов Тарту университетінің заң факультетін, М. Ғабдолғазизов Каир университетін, 0. Тұрмағанбетов Бомбей университетін, X. Нұржанов Киев университетінің заң факультетін бітірді. Басқа да көптеген қазақ студенттері болды.
Қарқаралыдан түлеп ұшқан Дінмұхамед Сұлтанғазин (1867—1918) өте сирек кездесетін талантты студент болды. Ол 1890 жылы Томск университетінің медицина факультетін, ал 1895 жылы Санкт-Петербург университетінің шығыстану факультетін, 1897 жылы заң факультетін бітіріп шықты. 1908 жылы Петербург әйелдер медицина институтын Асфендиярова Гүлсім Жағыпарқызы (1880— 1941), одан кейін Асфендиярова Мәриям Сейітжағыпарқызы (1887—1937) бітірді. Қазақтардың жаппай білім алуға көшуі олардың патша үкіметіне қарсы Ұлт-азаттық қозғалысынын күшейе түсуіне, өз алдына автономия алуға ұмтылысына жеткізді.