Эндоскопически в пищеводе при эозинофильном эзофагите часто визуализируются линейные складки и борозды, расположенные продольно. Характерны кольцевые складки слизистой («трахеализация» пищевода), нередко обнаруживают изъязвления, белесые налеты, иногда уже сформированные стриктуры пищевода. На слизистой пищевода могут наблюдаться микроузелки, при гистологическом исследовании содержащие агрегаты лимфоцитов и эозинофилов.
