Бұл сигналдық заттардың ең үлкен тобы болып табылады, организмде ақуыз синтезінің әдеттегі механизмі бойынша түзіледі. Төмен молекулалы пептидті гормон тиролиберин-трипептид (362 Да). Жоғары молекулалы ақуыз гормондарының молекулалық салмағы 20 кДа-дан асуы мүмкін, мысалы, тиреотропин (28 кДа). Кейбір пептидтік және ақуыз гормондарының бастапқы құрылымының ұқсастығы олардың бір отбасында екенін және бір эволюциялық прекурсордан пайда болуы мүмкін екенін көрсетеді.
Тиролиберин [тиреотропинді босататын фактор, ТРФ (TRH)], гипоталамус нейрогормоны , гипофиз жасушаларының қалқанша безді ынталандыратын гормон секрециясын ынталандырады. ТРФ үш аминқышқылынан тұрады, олардың екеуі өзгертілген. N-терминал глутамин қышқылы циклдік амид (пироглутамин қышқылы), ал С-терминал пролині амид түрінде болады. Мұндай модификация молекуланы экзопептидазалардың әсеріне төзімді етеді
Тиреотропин [қалқанша безді ынталандыратын гормон, TSH (TSH)] және онымен байланысты гормондар лютропин (лютеиндеуші гормон, LH) және фоллитропин (фолликулды ынталандыратын гормон, FSH) гипофиздің алдыңғы гормондарының өкілдері болып табылады. Олар екі суббірліктен тұрады және айналым жүйесінен гормонды тез жою үшін қажет олигосахаридті (гликопротеидтер) қамтиды. Тиреотропин қалқанша безінің жасушалары арқылы тироксиннің синтезі мен бөлінуін ынталандырады
Инсулин (құрылымы үшін суретті қараңыз. 79) ұйқы безінің В-жасушалары түзеді және глюкоза деңгейі жоғарылаған кезде бөлінеді.
Глюкагон, пептидтік гормон, ұйқы безінің А жасушаларымен (Лангерганс аралдарының α жасушалары) синтезделген 29 аминқышқылының қалдықтарынан тұрады. Глюкагон глюкоза деңгейі төмендеген кезде қанға бөлінеді. Оның негізгі қызметі-глюкоза деңгейін жоғарылату (гипергликемиялық әсер), ең алдымен, бауырдағы гликогеннің ыдырауы арқылы. Глюкагон өзінің әсерінен инсулиннің антагонисті болып табылады.
