Ресейдің қол астына өтуді қабыл алғанына қарамастан, ол іс жүзінде Ресейге мүлде тәуелсіз ішкі және сыртқы саясат жүргізді. 1759 жылы патша үкіметінің әкімшілігі Әбілмәмбетті тағынан тайдырып, оның орнына Абылайдың отыруын ұсынды және оған барлық жағынан қолдау көрсетуге уәде етті. Алайда ел арасында беделі зор әрі алыстан болжайтын көреген сұлтан бұл ұсынысты қабыл алмады. Өйткені ол ұсыныс елдің өз ішінде қазақтардың бірлігін ыдыратуға алып барып соқтыратын еді. Патша үкіметі Абылайды бір ғана Орта жүздің ханы деп таныды. Бірақ хан ант қабылдаудың және патшаның сенім грамотасы мен тарту-таралғыларын тапсырудың салтанатты рәсіміне барудан бас тартты. Өйткені Абылай хан мені билеуші хан етіп халық сайлады. Олай болса, орыс патшасының тағына тағзым етіп, ант беруге тіпті де міндетті емеспін деп білді.
Абылай өзінің күш-жігерін мына бағыттарға жұмсады. Біріншіден, оған бір орталықтан басқарылатын мемлекет құруының сәті түсті. 1771 жылы ол Түркістан қаласында қазақтың бүкіл үш жүзінің ханы болып жарияланды. Бұған жоңғарлар мен Еділ бойы қалмақтарын талқандаудағы орасан зор үлесі игі ықпал етті.
Өзінің қол астындағы халықты неғұрлым жақсы басқару үшін Абылай үш жүздің әрқайсысына әйгілі тұлғаларды билеуші етіп тағайындады. Мәселен, елді оның атынан Жетісуда Әділ және Сүйіксұлтандар, Орталық Қазақстанда - Қасым сұлтан, Ертіс бойы өңірінде - немере туысы Сұлтанбет сұлтан, Шығыс Қазақстанда Әбілмәмбеттің ұлы Әбілпейіз басқарды. Ханға оған шын берілген қыруар көп төлеңгіттер де көмектесіп, қызмет етті. Екіншіден, ол сот билігін күшейте түсті. Сонымен қатар белгілі қазақ билерінің, сондай-ақ атақты қазақ батырларының беделіне арқа сүйеді. Сондай күшті, ықпалды саяси тұлға Абылайдың кеңесшісі Бұқар жырау болды.
Үшіншіден, Абылай қазақ рулары мен тайпаларының арасындағы өзара қырқыс, алауыздықтан туындайтын қақтығыстар мен барымта алуды тоқтатты. Ол қазақтардың егіншілікпен, шөп шабумен және балық аулаумен айналысуына қолдау көрсетті. Хан қазақ даласындағы керуен саудасын күшейтуге барынша көп көңіл бөлді. Ол қазақ даласында темір ұстаханаларын салудың бастамашысы болды. Абылай хан ақын-жырау, әнші-күйшілер мен діни қайраткерлерге қамқорлық жасап отырды.
