Оның ынтасы ағартушылыққа ауады. 1860 жылы Жайықтың шығысындағы қазақтар үшін төрт бастауыш мектеп ашылған кезде, Ыбырай өзі сұранып, Торғай мектебіне мұғалім болуға рұқсат алып, сонда келеді. Бірақ мектеп бірден ашыла қоймайды. Бұл аралықта, Ыбырай ел ішінде мектептің пайдасын түсіндіріп, біраз баланы өз үйінде оқытады. Торғай мектебі 1864 жылы ғана ашылады. "Осы жылы қаңтардың 8-і күні көптен күткен ісім орнына келіп, мектеп ашылды. Оған 14 қазақ баласы кірді. Бәрі де жақсы, есті балалар. Мен балаларды оқытуға қойға шапқан аш қасқырдай қызу кірістім", – деп жазады, ол белгілі шығыстанушы, профессор Н.И.Ильминскийге жолдаған хатында. Ыбырай мектептегі сабақ пен тәрбие жұмысын сол кездегі орыс мектептері үлгісінде құрады. Сабақты қазақ тілінде жүргізе отырып, ол балаларға орыс тілін үйретуге, пән негіздерінен білім беруге тырысады.
