Дифференциалдыдиагноз Пилоростеноз-аурудың алғашқы симптомдары баланың алғашқы өмірінің 2-ші аптасының аяғы мен 3-ші аптасының басында көрінеді. Негізгі клиникалық белгілер: Фонтан тәрізді құсық (құрамында өт қосындысы жоқ); Эпигастрий аймағындағы асқазан перистальтикасы «құм сағат» тәрізді; Балаланың салмағы төмендейді; Үлкен дәретке шығуы қиындайды, іш қату; Зәр шығару төмендейді. Құсу негізгі симптом. Аз ғана емгеннен кейін немесе қандай да бір сұйықтық беренгеннен кейін фонтан тәрізді құсады, құсық өт қосындысыз. Асқазан сөлінің секрециясынан құсық массасы көбірек болады. Яғни ішкен сұйықтықтың мөлшерінен де көп. Құсқаннан соң бала тынышталады. Асқазанның шолу рентгенограммасында ауа анықталады, бариймен сынама жасағанда – барийдің асқазаннан шығуының ақырындауы, асқазан қалтқысы каналының жіп тәріздес тарылуы және ұзаруы көрінеді.
Пилороспазм- аурудың симптомы туғаннан басталады, яғни бала туғаннан бастап құсады. Құсықтың мөлшері аз болады және құсу кезінде шыққан сүт көлемі емізілген сүттен аз болады. Баланың нәжісі қатайған, зәр шығаруы азайған. Асқазан перистальтикасы сирек. Салмақта өзгеріс болмайды. Рентгенограммада ішекке газды бөлу, әдетте біркелкі, «екі күлдір бөртпе» симптомы жоқ.