39. Халықаралық мектептің ұйымдастырушылық құрылымы, басқару жүйесі және барлық қызметкерлердің лауазымдық міндеттері мектептің білім беру моделінің ерекшеліктеріне сәйкес әзірленеді.
Халықаралық мектепте жұмыс істеу үшін педагогикалық ұжым халықаралық емтихан алушыларды, тренерлерді, сарапшыларды қосқанда жоғары білікті қазақстандық және шетелдік педагогтер санынан құрылады.