Микробтардың қоректенуі ортада еріген қоректік заттардың клетка қабығы мен мембранасы арқылы диффузия жолымен сіңу арқылы іске асады. Күрделі ерімейтін органикалық қосылыстар клетка сыртында субстратқа бөлінетін ферменттер көмегімен ыдыратылады. Қоректену тәсіліне қарай микроорганизмдерді аутотрофты және гетеротрофты деп бөледі. Аутотрофтар бейорганикалық заттардан (көмірқышқыл газы, азот, су) органикалық заттарды түзуге қабілетті. Синтезге қажетті энергия көзі ретінде жарық энергиясы немесе тотығу-тотықсыздану реакцияларының пайдаланылады. Гетеротрофтар қоректенуге дайын органикалық қосылыстарды алады. Өлі жануарлар немесе өсімдіктер тканьдерімен қоректенетін МО- сапрофиттер д.а. (шіру бактериялары, саңырауқұлақтар, ашытқылар). Паратрофты МО н/е парзиттер қожайын ағзасының қоректік заттарының есебінен тіршілік етеді (ауру қоздырғыштары жатқызылады).
