Bruker Daltonik MALDI Biotyper

96 
Bruker Daltonik MALDI Biotyper
Classification Results 
Project Info: 
Project Name: 
kmvd akkenze 01082016
Project Description: 
Project Owner: 
Admin@FLEX-D127-PC 
Project Creation Date/Time: 
2016-08-01T13:48:50.012 
Project Analyte Count: 
64 
Project Type: 
Development 
Validation: 
not present 
Result Overview 
Analyte 
Name 
AnalyteI
D 
Organism(best 
match) 
ScoreValue 
Organism(second 
best match) 
ScoreValu
e 
B21
( + ) ( B ) 
1-1C 
Clostridium 
butyricum 
1.853
 
Clostridium 
butyricum 
1.772
 
B22
( + ) ( B ) 
1-1C 
Clostridium 
butyricum 
1.991
 
Clostridium 
butyricum 
1.889
 
B23
( + ) ( B ) 
1-4C 
Clostridium 
butyricum 
1.814
 
Clostridium 
butyricum 
1.709
 
B24
( + ) ( B ) 
1-4C 
Clostridium 
butyricum 
1.902
 
Clostridium 
butyricum 
1.841
 
C1
( + ) ( B ) 
1-5C 
Clostridium 
butyricum 
1.999
 
Clostridium 
butyricum 
1.984
 
C2
( + ) ( B ) 
1-5C 
Clostridium 
butyricum 
1.973
 
Clostridium 
butyricum 
1.877
 
C3
( ++ ) ( B ) 
2-1C 
Lactobacillus 
plantarum 
2.207
 
Lactobacillus 
plantarum 
2.205
 
C4
( ++ ) ( B ) 
2-1C 
Lactobacillus 
paraplantarum 
2.227
 
Lactobacillus 
plantarum 
2.158
 
C5
( +++ ) ( A )
2-5C 
Escherichia coli
 
2.318
 
Escherichia coli
 
2.185
 
C6
( +++ ) ( B )
2-5C 
Escherichia coli
 
2.306
 
Escherichia coli
 
2.161
 
C7
( ++ ) ( A ) 
2-7C 
Escherichia coli
 
2.217
 
Escherichia coli
 
2.158
 
C8
( ++ ) ( A )
 
2-7C 
Escherichia coli
 
2.215
 
Escherichia coli
 
2.192
 
C9
( +++ ) ( A )
3-2M 
Enterococcus 
faecium 
2.385
 
Enterococcus 
faecium 
2.319
 
Сурет 5 - Bruker Daltonik MALDI Biotyper құрылғысында жүргізілген 
зерттеулер нәтижесі, бет 1 

97 
C10
(+++ ) ( A )
3-2M 
Enterococcus 
faecium 
2.412
 
Enterococcus 
faecium 
2.407
 
C11
(+++ ) ( A )
3-4M 
Enterococcus 
faecium 
2.434
 
Enterococcus 
faecium 
2.294
 
C12
(+++ ) ( A )
3-4M 
Enterococcus 
faecium 
2.489
 
Enterococcus 
faecium 
2.408
 
C13
(+++ ) ( A )
3-7M 
Enterococcus 
faecium 
2.442
 
Enterococcus 
faecium 
2.281
 
C14
(+++ ) ( A )
3-7M 
Enterococcus 
faecium 
2.454
 
Enterococcus 
faecium 
2.383
 
C15
( ++ ) ( A )
4-2M 
Leuconostoc 
mesenteroides 
2.127
 
Leuconostoc 
mesenteroides 
1.949
 
C16
( ++ ) ( A )
4-2M 
Leuconostoc 
mesenteroides 
2.193
 
Leuconostoc 
mesenteroides 
2.032
 
C17
(+++ ) ( A )
4-7M 
Enterococcus 
faecium 
2.396
 
Enterococcus 
faecium 
2.308
 
C18
(+++ ) ( A )
4-7M 
Enterococcus 
faecium 
2.442
 
Enterococcus 
faecium 
2.416
 
C19
( + ) ( B ) 
4-3M 
Leuconostoc 
mesenteroides 
1.932
 
Leuconostoc 
mesenteroides 
1.769
 
C20
( + ) ( B ) 
4-3M 
Leuconostoc 
mesenteroides 
1.948
 
Leuconostoc 
mesenteroides 
1.882
 
C21
( - ) ( C ) 
5-1M 
not 
reliable 
identification
1.426
 
not 
reliable 
identification
1.368
 
C22
( - ) ( C ) 
5-1M 
not 
reliable 
identification
1.569
 
not 
reliable 
identification
1.42
 
C23
( + ) ( B ) 
5-2M 
Lactobacillus 
ultunensis 
1.823
 
Lactobacillus 
ultunensis 
1.712
 
C24
( - ) ( C ) 
5-2M 
not 
reliable 
identification
1.471
 
not 
reliable 
identification
1.47
 
D1
( - ) ( C ) 
5-5M 
not 
reliable 
identification
1.435
 
not 
reliable 
identification
1.404
 
D2
( - ) ( C ) 
5-5M 
not 
reliable 
identification
1.355
 
not 
reliable 
identification
1.343
 
D3
( + ) ( B ) 
6-2M 
Lactobacillus 
kefiranofaciens 
1.915
 
Lactobacillus 
ultunensis 
1.71
 
Сурет 5, бет 2 

98 
D4
( + ) ( B ) 
6-2M 
Lactobacillus 
kefiranofaciens 
1.936
 
Lactobacillus 
ultunensis 
1.74
 
D5
( + ) ( B ) 
6-5M 
Streptococcus 
sanguinis 
1.703
 
not 
reliable 
identification
1.664
 
D6
( + ) ( B ) 
6-5M 
Streptococcus 
sanguinis 
1.951
 
Streptococcus 
sanguinis 
1.924
 
D7
( + ) ( B ) 
6-10M 
Lactobacillus pontis 1.733
 
not 
reliable 
identification
1.549
 
D8
( + ) ( B ) 
6-10M 
Lactobacillus pontis 1.71
 
not 
reliable 
identification
1.563
 
D9
( - ) ( C ) 
6-12M 
not 
reliable 
identification
1.552
 
not 
reliable 
identification
1.528
 
D10
( - ) ( C ) 
6-12M 
not 
reliable 
identification
1.605
 
not 
reliable 
identification
1.528
 
D11
( ++ ) ( A )
7-1M 
Lactococcus lactis 
2.282
 
Lactococcus lactis 
2.15
 
D12
( ++ ) ( A )
7-1M 
Lactococcus lactis 
2.247
 
Lactococcus lactis 
2.147
 
D13
( - ) ( C ) 
7-1C 
not 
reliable 
identification
1.366
 
not 
reliable 
identification
1.332
 
D14
( - ) ( C ) 
7-1C 
not 
reliable 
identification
1.303
 
not 
reliable 
identification
1.296
 
D15
( - ) ( C ) 
7-2C 
not 
reliable 
identification
1.438
 
not 
reliable 
identification
1.395
 
D16
( - ) ( C ) 
7-2C 
not 
reliable 
identification
1.4
 
not 
reliable 
identification
1.31
 
D17
( ++ ) ( A )
7-4M 
Lactococcus lactis 
2.265
 
Lactococcus lactis 
2.183
 
D18
( ++ ) ( A )
7-4M 
Lactococcus lactis 
2.212
 
Lactococcus lactis 
2.13
 
D19
( - ) ( C ) 
7-5C 
not 
reliable 
identification
1.445
 
not 
reliable 
identification
1.356
 
D20
( - ) ( C ) 
7-5C 
not 
reliable 
identification
1.365
 
not 
reliable 
identification
1.357
 
D21
( - ) ( C ) 
7-6C 
not 
reliable 
identification
1.512
 
not 
reliable 
identification
1.481
 
D22
( - ) ( C ) 
7-6C 
not 
reliable 
identification
1.522
 
not 
reliable 
identification
1.491
 
D23
 
( ++ ) ( A )
7-8M 
Lactococcus lactis 
2.205
 
Lactococcus lactis 
2.175
 
Сурет 5, бет 3 

99 
D24
( ++ ) ( A )
7-8M 
Lactococcus lactis 
2.19
 
Lactococcus lactis 
2.042
 
E1
( - ) ( C )
8-1C 
not 
reliable 
identification
1.654
 
not 
reliable 
identification
1.624
 
E2
( - ) ( C )
8-1C 
not 
reliable 
identification
1.672
 
not 
reliable 
identification
1.589
 
E3
( ++ ) ( A )
8-2M 
Lactobacillus 
paracasei 
2.219
 
Lactobacillus 
paracasei 
2.089
 
E4
( ++ ) ( A )
8-2M 
Lactobacillus 
paracasei 
2.035
 
Lactobacillus 
paracasei 
1.994
 
E5
( - ) ( C )
8-4M 
not 
reliable 
identification
1.507
 
not 
reliable 
identification
1.441
 
E6
( + ) ( B )
8-4M 
Lactobacillus 
delbrueckii 
1.701
 
not 
reliable 
identification
1.559
 
E7
( ++ ) ( A )
8-6M 
Lactobacillus brevis 2.107
 
Lactobacillus brevis 
2.073
 
E8
( ++ ) ( A )
8-6M 
Lactobacillus brevis 2.148
 
Lactobacillus brevis 
2.09
 
E9
( - ) ( C )
8-9M 
not 
reliable 
identification
1.656
 
not 
reliable 
identification
1.432
 
E10
( + ) ( B )
8-9M 
Lactobacillus 
paralimentarius 
1.715
 
not 
reliable 
identification
1.528
 
E11
( - ) ( C )
T57 
not 
reliable 
identification
1.665
 
not 
reliable 
identification
1.649
 
E12
( - ) ( C )
T57 
not 
reliable 
identification
1.687
 
not 
reliable 
identification
1.665
 
Сурет 5, бет 4 
Жүргізілген зерттеулер сүт қышқылды бактериялардың ақуыз профилі 
және классикалық биохимиялық әдіс бойынша сәйкестендіру нәтижелерінде 
айырмашылықты анықтауға мүмкіндік берді. Алайда, облигатты анаэробтар - 
бифидобактериялар өкілдері үшін сәйкестендіру әдістерінің салыстырмалы 
талдау деректері қол жетімсіз екенін анықтадық. Bruker Daltonik MALDI 
Biotyper құрылғысында жүргізілген зерттеулер нәтижесі, яғни өсінділерді 
классификациялау нәтижелері жоғарыдағы суретте көрсетілген.
 
3.4.4 Штаммдардың таксономиялық қасиеттерінің желілігін 16S рРНК 
пайдалана отыра зерттеу
Ашыту штаммдарының таксономиялық сипаттамаларын зерттеу үшін 
бөлінген және тазартылған ДНҚ және биоинформатикалық бірлікті 
секвенирлеу жүргізілді (ДНҚ концентрациясы) (6-сурет).
Микроорганизмдердің таксономиялық топтарын генетикалық деңгейде 
растау мақсатында сүт қышқылды бактерияларының алты штаммының 16s 

100 
рРНК, 
бифидобактериялардың 
бір 
штаммы 
(
Lb.acidophilus
015k-1
,
 
Lb.acidophilus
021ch-4
, 
Lb.bulgaricus
08ch-1
, 
Lb.acidophilus
018k-3
, 
Lc.lactis
010k,
Str.thermophilus
042k-2
, 
B. bifidum 4-7б
) қолданылды (11-кесте). 
ДНҚ секвенирленуі рРНК микробтық жүйелілігінің тапсырмасының 
сақталған мәндерін қамтитын GenBank Graphics деректер базасында BLAST 
бағдарламасының көмегімен сәйкестендірілді. 
Сурет 6 –Электрофорез нәтижелері. Сүт қышқылды бактериялар 
штаммдарынан бөлінген ДНҚ концентрациясы 
Зерттелетін өсінділердің 16s нуклеотидті бірізділігі микроорганизмдердің 
типтік штаммдарының тізбектерімен салыстырылды. Талдау нәтижесінде 
гомологияның жоғары деңгейі анықталды (97% жоғары). Біз жүргізген 16s 
генді секвенирлеу зерттелетін штаммдардың генетикалық деңгейде аталған 
түрлерге жататынын дәлелдеді. 
Осылайша, BLAST бағдарламасының көмегімен ашытқы штаммдарының 
таксономиялық сипаттамаларын зерттеу толық расталды. 
Секвенирлеу Шығыс Финляндия университетінің, Қоғамдық денсаулық 
сақтау және клиникалық тамақтану интитутында өткізілді. 
Зерттелген өсінділердің қалған бөлігін тікелеу идентификациялау 
жұмыстары Чехия мемлекеті, Прага қаласындағы Чехия ғылым 
академиясының «Жануарлар физиологиясы және генетикасы» зертханасында 
жүргізілген болатын. 
16S рРНК генінің толық фрагментін алу үшін амплификациялау 
жұмыстары 616V, 630R және FD1 , RP2 праймерлерін пайдалана отырып 
жүргізілді. Амплификация жұмысының ең маңызды сатысы – дұрыс режимді 
таңдай білу. Сондықтан да зерттеу жұмыстары кезінде 2 түрлі режим 
M 1
00 bp
4
-7b
0
2
1
ch
-4
01
8
k 
- 3
0
8
ch
-1
0
1
5
k
-1
0
1
0
k
0
4
2
k
-2
M 100 bp

101 
қолданылды. Полимеразды тізбекті реакция көмегімен ДНҚ амплификациялау 
жұмысы реакциясының қойылу бағдарламалары төменде келтірілді. Алғашқ ы 
PCR бағдарламасы : 104
0
C 
94°C ..................... 5 мин 
94°C ..................... 45sec 
52°C ..................... 1 мин 
31 айналым 
72°C ..................... 1 мин 30с 
72°C ..................... 6 мин 
15°C........................ 0 0 
START 2 сағат 15мин
PCR бағдарламасы : 99 C 
92°C ..................... 5 мин 
92°C ..................... 1 мин 
52°C ..................... 1 мин 30с 
34 айналым 
72°C ..................... 2 мин
72°C ..................... 5 мин 
15°C........................ 0 0 
START 2 сағат 15 мин
Сурет 7 (a,b) – Электрофорез қою кезеңі 
Амплификация термоциклердің (кәсіби градиент Thermocycler Biometra 
T) көмегімен орындалды, содан кейін 1,5% агарозды электрофорез (110 В, 30 
минут) арқылы УК-шамның астында расталды. Нәтижесі төмендегі суретте 
көрсетілген. 

102 
Сурет 8 -616V, 630R және FD1 , RP2 праймерлерін салыстырмалы қолдану 
кезіндегі электрофорез көрінісі 
Хаттама бойынша өсінділердің ДНҚ концентрациясы арнайы қондырғыда 
өлшенді. Комапьютерлік экранында әрбір өсіндінің атаулары енгізіліп, 
нәтижелері төмедегі кесте түрінде сақталып алынды.

жүктеу/скачать 8,57 Mb.

Достарыңызбен бөлісу: